Pneumocystis jirovecii (Pj) est un champignon responsable de la pneumocystose pulmonaire (PCP), pneumopathie interstitielle touchant fréquemment les patients immunodéprimés. La PCR spécifique de Pj a permis une augmentation considérable de la sensibilité diagnostique en comparaison avec les techniques de microscopie mais a aussi fait émerger le concept de colonisation ou de formes pauci-symptomatiques. La distinction entre ces différentes formes d’infection à Pj est difficile, et influence de manière importante la mise sous traitement. La PCR quantitative peut permettre d’orienter vers l’une de ces entités en se basant sur la charge fongique mais il est nécessaire de valider précisément des seuils quantitatifs discriminants. Dans cette démarche, le principal écueil est de constituer les 2 groupes de référence « PCP » et « pauci ou asymptomatique ». Si l’on se base sur la méthode microscopique de référence (immunofluorescence) pour définir ces groupes, on se heurte au manque de sensibilité de cette technique par rapport à la PCR, qui entraîne le classement inadéquat des patients atteints de pneumocystose mais présentant une faible charge fongique. D’autre part, lorsque l’on se base sur les critères cliniques classiquement présents au cours de la PCP pour constituer les groupes « PCP » et « pauci ou asymptomatique », on peut observer des biais de sélection, la clinique et le contexte évocateurs étant eux-mêmes des motivations à la recherche de Pj.

À la différence des deux approches précédentes, la méthodologie développée ici est basée sur une étude de facteurs de risque sans à priori, et permet donc de lever ces écueils.

322 immunodéprimés VIH(−), avec un LBA positif en PCR Pj [1Fillaux J., et al. Accuracy of a routine real-time PCR assay for the diagnosis of Pneumocystis jirovecii pneumonia J Microbiol Methods 2008 ;  75 (2) : 258-261 [cross-ref]

Cliquez ici pour aller à la section Références] ont été inclus. Ils présentaient une distribution homogène des charges fongiques, quel que soit le type d’immunosuppression identifié, permettant une analyse commune de ces patients.

Afin de constituer 2 groupes de comparaison dont le statut « PCP » ou « pauci ou asymptomatique » était très probable, les patients présentant des charges fongiques extrêmes (Ct <25^ème ou >75^ème percentile), ont été sélectionnés puis comparés sans à priori sur 85 critères différents. 9 facteurs de risque cliniques (dyspnée, LLC ou LNH, greffe cardiaque), thérapeutiques (corticoïdes, ciclosporine, rituximab), biologiques (LDH, lymphocytes totaux) et radiologiques (syndrome interstitiel bilatéral), ont été identifiés, permettant de différencier les patients pauci ou asymptomatiques des patients atteints de PCP. Un score prenant en compte le poids relatif de chacun de ces facteurs de risque a été calculé, permettant de classer dans des groupes définitifs « pauci ou asymptomatique » ou « PCP », des patients dont le statut n’avait pu être déterminé précédemment. À partir de ces groupes définitifs, un seuil de Ct de PCR à 27,5 a été établi (spécificité : 98 % ; VPP : 97 %), permettant de classer les patients en « PCP probable » ou « PCP possible », uniquement grâce au résultat de la PCR diagnostique.

En conclusion, il est possible d’établir des seuils de PCR en limitant les biais liés à l’établissement des groupes « PCP » et « pauci ou asymptomatique », grâce à une démarche basée sur la recherche de facteurs de risque sans à priori pour discriminer les 2 entités.