La spectrométrie de masse de type MALDI-TOF SM révolutionne depuis quelques années l’identification des microorganismes en permettant leur identification en seulement quelques minutes. Une des principales limitations de cette technique reste l’impossibilité d’identifier des mélanges de microorganismes, du moins sur la plupart des milieux de culture. Pourtant, la détection des infections mixtes est cruciale pour orienter au mieux la thérapeutique. C’est le cas pour les levures dont les profils de susceptibilité diffèrent selon les espèces. De ce fait, les infections à levures impliquant deux espèces ou plus sont parfois identifiées avec un retard délétère pour le patient.

Dans ce travail, nous avons d’abord développé un algorithme d’analyse des spectres détectant in silico les infections mixtes que nous avons testées prospectivement entre novembre 2015 et janvier 2016. Ce protocole, appliqué pour tout prélèvement pour lesquels au moins 10 colonies étaient obtenues après ensemencement sur un milieu de Sabouraud-Chloramphénicol-Gentamycine (SCG), consistait à réaliser l’identification par MALDI-TOF sur une colonie isolée et sur le produit d’un ratissage des colonies présentes sur la gélose (« spot prélevé dans la masse »). Dans notre protocole, une infection mixte in silico était définie par la détection de profils protéiques attribués à deux espèces différentes sur l’un des deux spots analysés, ou sur le fait que l’espèce reconnue différait entre les deux spots. En parallèle, les prélèvements ont été repiqués sur milieu chromogène et analysés 48h plus tard pour détecter les infections mixtes in vitro.

Sur la période d’étude, 382 prélèvements positifs pour la recherche de levures ont fait l’objet d’une recherche de mélange in silico et in vitro. Parmi eux, 39 (10,21 %) correspondaient à des infections mixtes confirmées par l’identification des colonies à partir du milieu chromogène. Vingt de ces infections mixtes (51,28 %) avaient été détectées 48heures auparavant par l’analyse des spectres de masse réalisés sur le milieu SCG. Les valeurs prédictives positives et négatives et la spécificité de la détection in silico étaient respectivement de 48,78 %, 94,41 %, 93,85 %. Vingt-et-une autres infection mixtes ont été identifiées in silico sans être confirmées in vitro sur milieu chromogène. Il s’agissait dans dix cas d’infections mixtes Candida albicans/Candida dubiniensis, ou Candida tropicalis/Candida sojae, très difficilement détectables sur un milieu chromogène. Une ré-analyse des prélèvements est en cours pour les 11 cas restants.

En conclusion, l’utilisation de ce protocole d‘analyse in silico des infections mixtes, a permis la détection de plus de la moitié des infections mixtes qui ont été ultérieurement confirmées sur milieu chromogène. A cela s’ajoute un certain nombre d’infections mixtes, suspectées in silico bien que non détectées sur le milieu chromogène, pour lesquelles il est bien difficile de conclure. Cette étude démontre la complexité de la recherche des infections mixtes en clinique, et souligne l’intérêt de leur détection in silico par analyse de spectres obtenus par spectrométrie de masse MALDI-TOF en complément d’une culture sur milieu chromogène.