Les virus isolés à un stade précoce de l’infection sont des indicateurs des variants participant activement à l’épidémie. En utilisant un test identifiant les infections très récentes (ITR) à VIH-1 (<1mois), combiné avec une analyse phylogénétique et les informations épidémiologiques de la déclaration obligatoire (DO), l’objectif de l’étude était de décrire la dynamique de l’épidémie à VIH-1 en France.

Le dispositif français de DO des infections VIH est associé à une surveillance virologique identifiant les infections récentes sur échantillons de sérum. En utilisant un seuil spécifique, les échantillons de sérum reçus entre janvier 2012 et décembre 2014 ont été analysés pour identifier les ITR. À partir de la DO, les caractéristiques des ITR séquencées ont été recueillies : données sociodémographiques et médicales. Des analyses phylogénétiques ont été réalisées pour déduire les relations entre séquences génétiques et clusters de transmission. Un modèle multivarié de régression logistique a été utilisé pour identifier les facteurs favorisant l’inclusion dans un cluster.

Sur les 17 010 échantillons collectés durant la période, 1868 (11 %) ITR ont été identfiées, avec une séquence obtenue pour 723 (39 %). L’échantillon final incluait 549 cas pour lesquels l’ensemble des données était disponible. On dénombrait 493 hommes (90 %), dont 315 contaminés par rapports sexuels entre hommes (HSH). Quarante-trois clusters (107 cas, 20 %), de 2 à 11 cas chacun, ont été identifiés, concernant 70 HSH. Le seul facteur significativement associé à l’inclusion dans un cluster était le fait d’être HSH (OR=5,5 ; IC95=[2,1–14,1] ; p=0,0004).

Cette étude a permis de décrire la dynamique de l’épidémie VIH grâce au test d’ITR sur échantillon de sérum associé aux données épidémiologiques de la DO. Les HSH représentaient la population la plus active de l’épidémie. L’identification des clusters permet de mettre en évidence des réseaux de transmission pouvant faire l’objet d’interventions spécifiques.