Fungal infections are becoming increasingly frequent, with Aspergillus and Candida infections occurring most often. This article reviews the different patient groups that are susceptible to fungal infections and the techniques for identifying the causative agents. Also considered are the changing trends in the incidence of fungal infections and the spectrum of fungal species.

All patients with a compromised immune system are at risk of developing fungal infections. Hospitilization itself increases the risk of fungal infections in immunocompromised patients, for example through measures such as prolonged catheterization.

Neutropenia due to underlying hematological malignancy or induced by chemotherapy is an important risk factor for the development of fungal infections. The most frequent causative agents are Candida albicans and Aspergillus fumigatus . Fungal infections in this patient group are a major cause of morbidity and mortality and prevention is therefore critical.

Bone marrow transplant patients are at increased risk, with invasive Aspergillus infection being the leading cause of death in this group. Solid-organ transplantation also carries an increased risk of infection because of the use of immunosuppressive therapy to limit the risk of rejection. Each type of solid-organ transplant brings its own particular risk factors. Although the majority of fungal infections in this group are caused by Candida and Aspergillus species, emerging opportunistic fungal pathogens, such as Histoplasma and Cryptococcus species are also on the increase.

People infected with HIV are particularly susceptible to virulent and persistent fungal disease. Cryptococcus neoformans, Histoplasma, Penicillium marneffei and Coccidioides are the most frequently observed pathogens. In addition, superficial Candida infections may affect up to 95% of the HIV-positive population. Pneumocystis carinii , now classified as a fungus will not be considered in this review.

Other high-risk groups include burns patients, those with lung disease and those undergoing surgical procedures, particularly to the gastrointestinal tract. Patients treated in intensive care units also have high rates of nosocomial infections, most frequently caused by Candida species. In addition, a number of rare congenital defects, such as chronic granulomatous disease, can lead to increased susceptibility to fungal disease.

Early diagnosis of the pathogenic species is important as this can guide initial treatment. Traditionally, most information on fungal pathogens has been obtained from culture and microscopic analysis of samples taken from autopsies, but advances in molecular biology have resulted in a number of new techniques for identifying infecting species. Restriction fragment length polymorphism analysis has been used successfully to differentiate non- albicans Candida species, although the results can often be difficult to interpret. DNA hybridization analysis produces clearer banding patterns than restriction enzyme analysis, but the technique is often too time-consuming for patients in need of urgent treatment. Electrophoretic karyotyping is one of the better molecular procedures for differentiating between genetically related Candida species, but is also time-consuming and can have variable results.

Two popular techniques that offer great potential for precision, sensitivity and speed of molecular typing are random amplification of polymorphic DNA and polymerase chain reaction fingerprinting. To date, however, these technologies are limited to research laboratories. Another promising technique is the use of microsatellite markers to distinguish different pathogenic strains. Although expensive and time-consuming, the technique is reliable and enables results to be obtained with small or degraded amounts of DNA.

Although Candida and Aspergillus continue to be the cause of most systemic fungal infections, surveillance of fungal pathogens has identified some changing epidemiological trends. Monitoring on a national scale has revealed a steadily increasing prevalence of fungal infections over the past few decades in addition to a change in the type of infections seen. For example, a substantial shift in the epidemiology of Candida species has taken place recently, leading to an increase in non- albicans species. These species cause infections with higher complication and death rates than those resulting from C. albicans . Most worrying is the emergence of C. krusei , which is resistant to many antifungal agents.

Although still rare, endemic diseases such as histoplasmosis and blastomycosis are also increasing in areas not normally associated with these diseases. This has resulted partly from more frequent global dispersal of fungi caused by increased travel and other risk factors. In addition, because of the increase in immunocompromised individuals resulting from the emergence of HIV and the use of chemotherapy and other medical interventions, new opportunistic fungi are now causing significant problems.

In conclusion, many factors can increase the risk of developing fungal infection, and minimizing these risks, wherever possible, will reduce the burden of disease. New drugs or new formulations of old drugs could improve the prognosis of patients at highest risk of developing fungal infections.

L'incidence des mycoses, principalement à Aspergillus et à Candida , est en progression constante. Cette mise au point répertorie les différents groupes de sujets susceptibles de développer une mycose ainsi que les différentes techniques utilisées pour identifier les agents en cause. On considèrera aussi les tendances actuelles de l'incidence des mycoses et le spectre des espèces pathogéniques.

Tous les patients ayant un système immunologique déficient ont un risque de développer des mycoses. L'hospitalisation elle-même augmente le risque chez les patients immunodéficients, par exemple à cause de mesures telles qu'une cathétérisation prolongée. Une neutropénie, due à une pathologie hématologique maligne sous-jacente ou induite par la chimiothérapie, est un facteur de risque important de développement de mycoses. Les pathogènes les plus fréquents sont Candida albicans et Aspergillus fumigatus . Les mycoses chez ce groupe de patients étant une cause majeure de morbidité et de mortalité, la prévention est primordiale. Les patients ayant subi une greffe de moelle connaissent un risque de plus en plus grand, l'infection invasive d' Aspergillus étant la première cause de décès dans ce groupe. La transplantation d'organes induit aussi un risque de plus en plus grand d'infection en raison de la thérapie immunosuppressive nécessaire pour limiter le risque de rejet. Chaque type de transplantation d'organes apporte ses propres facteurs de risque particuliers. Bien que la majorité des mycoses chez les transplantés soient à Candida ou à Aspergillus , des pathogènes émergents tels que différentes espèces d' Histoplasma et de Cryptococcus sont également de plus en plus fréquentes.

Les personnes infectées par le VIH sont particulièrement susceptibles de développer une mycose virulente et persistante. Histoplasma, Penicillium marneffei et Coccidioides sont les pathogènes les plus fréquemment observés. De plus, les mycoses superficielles à Candida peuvent affecter plus de 95 % de la population VIH-positive. Pneumococystis carinii , aujourd'hui classée comme un champignon ne sera pas considérée.

Les autres groupes à risque élevé comprennent les patients brûlés, ceux qui ont une maladie pulmonaire et ceux qui subissent des interventions chirurgicales, particulièrement gastrointestinales. Les patients traités en soins intensifs ont également des taux élevés d'infections nosocomiales, le plus souvent à Candida . De plus, certains défauts congénitaux rares, par exemple des maladies granulomateuses chroniques, peuvent augmenter la susceptibilité aux mycoses.

Un diagnostic précoce des espèces pathogènes est important afin de choisir le traitement initial approprié. Classiquement, la culture et l'analyse microscopique de prélèvements d'autopsie fournissent la plupart des informations sur les agents pathogènes, mais avec les avances en biologie moléculaire, de nouvelles techniques sont apparues permettant l'identification de nombreuses espèces infectieuses. L'analyse du polymorphisme par enzyme de restriction (RFLP) a été utilisée avec succès pour différencier les espèces de Candida non- albicans , bien que les résultats soient difficiles à interpréter. L'analyse par hybridation de l'ADN donne des profils plus clairs que l'analyse par enzymes de restriction, mais la technique prend souvent trop de temps pour des patients ayant besoin d'un traitement urgent.

Le caryotype électrophorétique est une des meilleurs procédés moléculaires pour faire la différence entre les espèces Candida génétiquement semblables, mais cette méthode est également trop lente et produit des résultats variables. Il existe deux techniques très utilisées qui offrent un grand potentiel pour la précision, la sensibilité et la rapidité du typage moléculaire que sont l'amplification du polymorphisme de l'ADN et la PCR. Aujourd'hui cependant, ces technologies sont limitées aux laboratoires de recherche. Une autre technique prometteuse est l'utilisation de marqueurs microsatellites qui distinguent les différentes souches pathogènes. Bien qu'elle soit coûteuse et lente, cette technique est fiable et permet d'obtenir des résultats utilisables avec de petits fragments d'ADN ou avec de l'ADN dégradé. Si la plupart des mycoses actuellement rencontrées sont à Candida ou à Aspergillus , la surveillance systématique des pathogènes mycosiques a identifié quelques nouvelles tendances épidémiologiques. Un dépistage systématique sur un plan national a révélé une augmentation stable de la prévalence des mycoses au cours des dernières décennies en plus d'une évolution du type d'infections observées. Par exemple, une évolution importante de l'épidémiologie des espèces Candida est apparue récemment, avec une augmentation des espèces non albicans . Ces espèces sont à l'origine des infections associées aux complications les plus graves et aux taux de mortalité plus élevés que ceux associés à C. albicans . Le plus préoccupant est l'émergence de C. krusei , qui résiste à beaucoup d'agents antimycosiques.

Bien qu'elles soient encore rares, les maladies endémiques telles que l'histoplasmose et la blastomycose sont aussi en augmentation dans des régions qui ne sont pas normalement associées à ces maladies. La dispersion mondiale plus large des souches, en rapport avec une augmentation de la fréquence des voyages et d'autres facteurs de risque, est en partie responsable. Par ailleurs, en raison de l'augmentation du nombre d'individus immunodéficients suite à l'émergence du HIV ainsi que de l'utilisation plus large de la chimiothérapie et des interventions chirurgicales, de nouvelles espèces opportunistes sont actuellement à l'origine de problèmes significatifs.

En conclusion, de nombreux facteurs peuvent augmenter le risque de développer une mycose. Minimiser ces risques, ce qui est toujours possible, permettra de réduire la morbidité et la mortalité. De nouvelles molécules et de nouvelles formes galéniques de molécules plus anciennes pourraient améliorer le pronostic des patients qui ont le plus de risque de développer une mycose.