Trois types d’infections de plaie sont distingués : les infections profondes et fermées (classe I), les infections profondes ouvertes ou secondairement fermées (classe II), les infections superficielles (classe III). Les infections de classes II et III sont ici envisagées. Dans ces infections, le foyer infecté est en contact avec le microbiote de la peau. L’objectif est d’identifier les bactéries pathogènes à l’origine de l’infection ou de la surinfection.

Au préalable, une détersion au sérum physiologique stérile de la zone à prélever et de sa zone proximale est requise. Pour les infections superficielles du site opératoire, il s’agit de prélever l’écoulement de la cicatrice de préférence par aspiration à la seringue ou pratiquer une biopsie ou une aspiration à l’aiguille fine au cours de la reprise chirurgicale. L’écouvillonnage de la cicatrice doit être évité. Toutefois, en cas d’écouvillonnage, l’écouvillon utilisé doit être de type nylon ou dacron associé à un milieu de transport. Les prélèvements sont transférés au laboratoire de microbiologie dans un délai de 2heures. Ce délai peut être supérieur pour un écouvillon avec un milieu de transport.

L’examen microscopique après coloration de Gram permet d’indiquer le nombre relatif de leucocytes et l’abondance relative des différents types de bactéries. Cette étape du diagnostic microbiologique est importante pour orienter les cultures à mettre en œuvre. Pour les biopsies, les prélèvements liquides et en cas de suspicion d’infection à bactéries anaérobies, la recherche de ces bactéries est à effectuer. L’amplification génique de gènes spécifiques est un complément à la culture des échantillons. Toutefois, l’amplification du gène rrs n’a pas sa place. Le dénombrement des bactéries n’est pas indiqué hormis pour les ulcères veineux pour lequel un seuil élevé de bactéries, supérieur au seuil de colonisation critique de 10⁵ CFU/g de tissu biopsié, est prédictif d’une absence de cicatrisation. Les principales espèces bactériennes isolées dans les plaies opératoires sont Staphylococcus aureus (35 %), Escherichia coli (10 %), Pseudomonas aeruginosa (10 %) et les staphylocoques à coagulase négative (8 %).

Les informations cliniques sont essentielles à la réalisation et à l’interprétation de l’examen. Seule la confrontation de l’examen microscopique et du résultat des cultures avec la clinique permet une interprétation fiable.