Les maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI) regroupent deux grandes entités qui sont la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique. Il s’agit de maladies à expression essentiellement intestinale mais aussi plus générale (articulaire, cutanée, ophtalmologique…), évoluant par poussées entrecoupées par des phases de rémissions spontanées ou induites par les traitements. Au plan physiopathologique au cours de ces 20 dernières années, les analyses génomiques ont permis d’identifier certains gènes de susceptibilité qui seuls ou associés à des facteurs environnementaux entraînent une perte d’efficacité de la fonction barrière de l’épithélium intestinal. Les modifications génétiques mises en évidence portent sur des gènes codant pour des peptides antimicrobiens, des phénomènes d’autophagie, des phénomènes de capture de bactéries, des gènes codant pour les chémokines et des cytokines. Au plan environnemental, l’effet du tabac, la prise éventuelle d’antibiotiques, d’antécédent d’appendicectomie, de prise d’anti-inflammatoires non stéroïdiens, de surinfection du tube digestif ou bronchique et plus récemment l’étude de la flore intestinale, jouent un rôle dans ces phénomènes d’hyperperméabilité de la « barrière intestinale ». Cette dernière permet la translocation de bactéries commensales et de produits de dégradation de bactéries et plus particulièrement de lipopolysaccharides et de peptidoglycanes depuis la lumière intestinale jusque dans le chorion extrêmement riche en cellules mononucléées (lymphocytes T, lymphocytes B, macrophages, cellules dendritiques). Cette exposition à des produits de dégradation bactérienne conduit à une stimulation du système de défense inné (récepteurs Nod et Toll sur des cellules dendritiques et des macrophages), et adaptatifs (une diminution de l’activité des cellules T régulatrices au profit des cellules T effectrices et sécrétions de cytokine). Le phénomène inflammatoire intra-pariétal semble suivre ensuite des processus biologiques normaux, mais c’est sa non-résolution qui pose problème conduisant à une inflammation intestinale chronique qui est responsable au cours du temps de la destruction tissulaire et des complications observées dans ces maladies, de façon fréquente mais non obligatoire. Dans l’état actuel, cette compréhension physiopathologique est à la base des traitements par biothérapie qui visent donc à réduire soit la présence de cellules effectrices sur le « terrain » soit la production de cytokines effectrices in situ.