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Combination of morphological and molecular markers for the characterization of ancient native olive accessions in Central-Eastern Tunisia - 25/05/17

Doi : 10.1016/j.crvi.2017.03.003 
Ibtissem Laaribi a, b, , Hassouna Gouta a, Mouna Mezghani Ayachi a, Foued Labidi a, Messaoud Mars b, c
a High Agronomic Institute, IRESA – University of Sousse, 4042 Chott-Mariem, Tunisia 
b Olive Tree Institute, B.P. 40, 4061 Sousse, Tunisia 
c Regional Research Center for Horticulture and Organic Agriculture (CRRHAB), B.P. 57, 4042 Chott Mariem, Sousse, Tunisia 

Corresponding author at: Olive Tree Institute, B.P. 40, 4061 Sousse, Tunisia.

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Abstract

Increasing olive germplasm erosion in the coastline of Tunisia has required an imperious conservation of the traditional genotypes before an ultimate disappearance. This region has been relatively neglected in the literature sources of olive identification. In this context, a prospection effort and a preliminary selection of olive accessions belonging to Central-Eastern Tunisia was carried out. Twenty-seven ancient olive accessions were studied by combining molecular and morphological data in order to fingerprint them, and to evaluate their relationships with classical cultivars. Compared to known classic Tunisian olive cultivars, the new prospected olive accessions were well distinguished, presenting a potential use as promising genotypes. The morphological and molecular data showed a high diversity between genotypes. 92 and 63 polymorphic bands were scored using 10 RAPD and 9 SSR markers, respectively. Significant correlation coefficients were obtained among fruit and stone sizes (r=0.90) and among their shapes (r=0.73). The genetic distances obtained with the two DNA marker systems were significantly correlated (r=0.45) according to Mantel's test. No significant correlation was observed between distances based on molecular and morphological markers. UPGMA analysis based on molecular data showed no clear clustering trends according to morphological traits or fruit use. Despite the high genetic variation among accessions in each prospected area, geographical origin seemed to have significant impact on the observed variability. The relationship between morphological and molecular data has confirmed that each marker expressed different aspects of variability. Integration between all markers will be useful for distinguishing new accessions and genotyping local varieties.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

L’accélération de l’érosion génétique du germoplasme oléicole à la suite de l’urbanisation effrénée dans le Sahel tunisien nécessite une conservation pressante du patrimoine local avant sa disparition. De fait, la région du Sahel tunisien est considérée l’une des premières forêts oléicoles installées en Tunisie (Carthage) par les Phéniciens. Les prospections préliminaires ont permis la sélection de 27 génotypes centenaires d’olivier. Différents marqueurs morphologiques et moléculaires ont été combinés en vue de leur caractérisation et de leur identification. Ces génotypes ont présenté une diversité génétique intéressante et ils se différencient des cultivars classiques d’olivier en Tunisie. Dix marqueurs RAPD et neuf marqueurs SSR ont permis de ressortir respectivement 92 et 63 bandes polymorphes. Une corrélation significative (r=0,45) a été notée entre les deux types de marqueurs moléculaires, tandis que les descripteurs morphologiques n’ont pas enregistré une corrélation significative avec les descripteurs moléculaires. Cependant, une forte corrélation est notée entre la forme (r=0,73) et la taille (r=0,90) du fruit et de l’endocarpe. L’analyse UPGMA basée sur les marqueurs moléculaires a permis de grouper les génotypes partiellement en fonction de leurs origines géographiques. La relation entre les données morphologiques et moléculaires a confirmé que chaque marqueur exprime un aspect différent de la variabilité observée. L’intégration de tous les marqueurs sera utile pour distinguer les nouvelles accessions et le génotypage des variétés locales.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Olive, Morphological marker, RAPD, SSR, Mantel test, Correlation

Mots clés : Olea europaea L, Descripteurs morphologiques, RAPD, SSR, Test de Mantel, Corrélation


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Vol 340 - N° 5

P. 287-297 - mai 2017 Retour au numéro
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