Développement d’un protocole préanalytique simple et robuste pour l’analyse métabolomique par résonance magnétique nucléaire d’échantillons rénaux congelés dans le cryopréservant optimal cutting temperature - 16/09/17
Résumé |
Introduction |
La métabolomique constitue un nouvel outil de physiopathologie et d’identification de cibles diagnostiques et/ou thérapeutiques. Elle permet d’analyser divers types d’échantillons biologiques (biofluides et biopsies). Cependant, la manipulation préanalytique de l’échantillon influence significativement son métabolome. Standardiser les méthodes d’extraction des milieux de cryopréservation, tel que le cryopréservant optimal cutting temperature (OCT compound), est dès lors crucial. Nous proposons une méthode simple, rapide et robuste d’extraction du cryopréservant OCT compatible avec l’analyse métabolomique par résonance magnétique nucléaire (RMN), testée sur des échantillons murins et humains.
Patients et méthodes |
Chez les souris (n=6), une néphrectomie droite (=reins non-ischémiés) et une ischémie rénale gauche de 30min sont réalisées, suivies d’une reperfusion de 48heures Les 2 reins sont coupés transversalement : un fragment est congelé dans l’azote liquide (LN2), l’autre dans le cryopréservant OCT. Chez les patients (n=15), deux biopsies du cortex rénal sont prélevées lors de transplantations rénales : une biopsie est congelée dans LN2, l’autre dans le cryopréservant OCT.
Résultats |
Le spectre RMN du proton du cryopréservant OCT montre la présence de 2 signaux principaux, entre 3,4 et 4,2ppm (47,2 %) et 1,2 et 2,2ppm (42,5 %), qui rendent les spectres rénaux ininterprétables. Trois rinçages (de 30 secondes) dans du liquide physiologique à 4̊C permettent de réduire cette contamination sans altérer significativement le métabolome tissulaire. Ce protocole préanalytique distingue le métabolome des reins murins OCT ischémiés versus non-ischémiés, avec un Q2 de 0,695 (à comparer au Q2 de 0,866 entre les reins LN2). Les métabolites discriminants sont les mêmes dans les groupes OCT et LN2, avec un coefficient de corrélation de 0,831. Chez l’homme, le coefficient de corrélation entre les biopsies OCT rincées et les biopsies LN2 est de 0,732.
Discussion |
De nombreux échantillons de reins humains, prélevés à visée initialement diagnostique, sont disponibles dans les biobanques hospitalo-universitaires, soit enrobés en paraffine, soit congelés dans le cryopréservant OCT. Nos observations suggèrent qu’un rinçage itératif des biopsies rénales en cryopréservant OCT permette d’étudier leur métabolome par RMN de façon fiable.
Conclusion |
Notre protocole préanalytique d’extraction du cryopréservant OCT offre l’opportunité d’exploiter les échantillons rénaux congelés pour l’analyse métabolomique par RMN.
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Vol 13 - N° 5
P. 379 - septembre 2017 Retour au numéro
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