La méthylation de l’ADN est un facteur pronostique majeur des corticosurrénalomes. L’objectif est de mettre au point une mesure ciblée de la méthylation de l’ADN par digital-droplets-PCR (ddPCR), peu coûteuse et facile à utiliser en routine.

Le dessin des sondes de ddPCR s’appuie sur l’analyse de 14 régions riches en CpG, séquencées en NGS après traitement par bisulfite (les cytosines non méthylées sont transformées en thymidine et les cytosine méthylées restent des cytosines). La ddPCR est réalisée sur QX200 (BIORAD). L’analyse bio-informatique programmée en R.

Après séquençage NGS, l’analyse des brins d’ADN montre que le statut méthyl d’un CpG n’est pas forcément lié à celui des CpG suivants. Pour la ddPCR il est essentiel de trouver des CpG consécutifs qui varient ensemble sur un même brin, car on utilise deux sondes, l’une spécifique des allèles méthylés, l’autre des allèles non méthylés. Nous avons identifié 30 régions sur les 14 îlots CpG avec une co-variation de la méthylation des CpG supérieures à 80 %. Un deuxième critère de sélection pour les sondes est la valeur discriminante entre les groupes hyperméthylées et non hyperméthylées. Nous avons identifié 20 sondes avec une discrimination supérieure à 80 %. Sur les 258 sondes de 29 bases possibles, 4 vérifient ces deux critères. La performance des sondes sera présentée.

Cette analyse bio-informatique montre qu’il est possible de dessiner des sondes analysant le statut de méthylation de régions spécifiques du génome, et ouvre la voie d’un test de méthylation des corticosurrenalomes en routine.