L'échographie endovaginale permet un diagnostic fiable des endométriomes ovariens dans la plupart des cas. Une imagerie par résonance magnétique (IRM) pourra être demandée si l'on suspecte la présence de lésions profondes associées.

Le traitement de ces endométriomes est chirurgical (kystectomie) et la voie coelioscopique doit être préférée chaque fois que c'est possible. Une cytologie péritonéale doit être réalisée avant de débuter la dissection. Après ouverture première du kyste avec aspiration du contenu, la kystectomie (stripping) est réalisée avec clivage de bas en haut. L'ablation de la paroi kystique doit être complète. En effet, le taux de récidive est plus important quand on réalise un simple drainage et une coagulation par rapport à une kystectomie.

Il est déconseillé de réaliser des kystectomies itératives chez les femmes infertiles, ceci pouvant conduire à une insuffisance ovarienne.

Endovaginal ultrasonography is relevant for the diagnosis of ovarian endometriomas with a good predictive value. Magnetic resonance imaging (MRI) may be recommended if deep endometriosis is suspected.

Operative laparoscopic management is the 'gold standard' for surgical treatment, and medical treatment should not be given before surgery. Peritoneal lavage cytology must be performed before cystectomy. First, the cyst is opened and the endometriosic fluid is aspirated. The stripping technique is performed and after hemostasis, the ovarian cortex is reattached with microsurgical sutures.

Coagulation or laser vaporization of endometriomas without excision of the pseudocapsule seems to be associated with a significant increase in risk of cyst recurrence.

Recurrent ovarian surgery is not recommended in women with infertility, as it might be deleterious for ovarian reserve.