Intégration des données de RNAseq sur cellule unique du cerveau - 28/11/17
, Brigitte Benzacken a, Michael Johnson b, Enrico Petretto cBienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
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Résumé |
Introduction |
Le cerveau des mammifères possède un nombre extraordinaire de cellules. On distingue différents types cellulaires dans le système nerveux central. Les cellules d’une même catégorie, ou d’un même type, en plus de se ressembler, ont aussi des profils d’expression similaires. Récemment, l’étude des profils d’expression chez la souris, par séquençage à très haut débit (« RNAseq ») sur cellule unique (« single-cell RNAseq »), a permis d’établir une délinéation très fine des différents types cellulaires du cerveau des mammifères [1, 2]. Le but de l’étude présentée ici est d’exploiter ces données pour analyser un réseau de gènes impliqués dans les formes rares et communes d’épilepsie, le réseau M30 [3].
Matériels et méthodes |
Les données de « single-cell RNAseq » de cerveau murin (n=3005 [1], n=1424 [2]) ont été ré-exploitées. Nous avons utilisé le test exact de Fisher (FET) pour tester l’enrichissement du réseau M30 en gènes marqueurs de chaque type cellulaire. Les outils créés pour ces analyses sont disponibles dans un package R, appelé BrainCell (BrainCell).
Résultats |
Le réseau M30 est significativement enrichi en gènes marqueurs des interneurones (FET p-value=1,65×10−8, OR=4,37) et des neurones pyramidaux (FET p-value=7,71×10−4, OR=3,07). Cet enrichissement mixte est cohérent avec le profil d’expression des gènes orthologues murins du réseau M30 observé à partir des données de « single-cell RNAseq » de l’institut Allen Brain [2].
Discussion et conclusion |
La microanatomie complexe du cerveau révélée par l’étude des ARN sur cellule unique est portée dans des jeux de données en accès libre dont l’exploitation ne fait que débuter. L’intégration de ces données montre ici que le réseau de gènes M30, associé aux formes rares et communes d’épilepsie, est fortement exprimé à la fois, dans les neurones excitateurs et inhibiteurs.
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Mots clés : Cerveau, Type cellulaire, RNAseq, Single-cell RNAseq
Plan
Vol 101 - N° 335
P. 240-241 - décembre 2017 Retour au numéro
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