Los tratamientos farmacológicos de la endometriosis son hormonales convencionales (estrógenos-progestágenos, progestágenos, agonistas de la hormona liberadora de gonadotropinas [GnRH], danazol), hormonales innovadores (antiaromatasas, moduladores selectivos de los receptores de progesterona) o no hormonales (antiinflamatorios, inhibidores de las metaloproteasas o de la angiogénesis, estatinas y plantas medicinales chinas). De ellos, sólo los estrógenos-progestágenos, los micro y macroprogestágenos, los agonistas de la GnRH y el danazol han demostrado su eficacia si se administraban durante el período adecuado. Dado que no existen ensayos terapéuticos sobre cada una de las clases, no es posible dar prioridad a una molécula sobre a las demás. Los (estrógenos)-progestágenos, que se toleran mejor que el danazol y los agonistas de la GnRH prescritos sin tratamiento hormonal sustitutivo, deben ser la opción prioritaria como primera elección. En la endometriosis superficial no tratada o después de su tratamiento quirúrgico, está indicado un tratamiento con estrógenos-progestágenos en modo continuo en lugar de secuencial o por macroprogestágenos. Si fracasa el tratamiento con (estrógenos)-progestágenos por vía oral, en caso de mala observancia o de contraindicaciones, se puede plantear la colocación de un dispositivo intrauterino con levonorgestrel, la inyección de agonistas de la GnRH o un tratamiento con danazol (sobre todo por vía vaginal). En la endometriosis profunda, se propone un tratamiento médico preoperatorio si no se desea un embarazo de inmediato. Los agonistas de la GnRH se pueden utilizar de entrada, pero no han demostrado ser más eficaces que los (estrógenos)-progestágenos. Después de la cirugía de una endometriosis profunda o de un endometrioma, los estrógenos-progestágenos o los macroprogestágenos permiten disminuir el riesgo de recidiva. Todos estos tratamientos son anticonceptivos y deben continuarse si no se desea un embarazo, a excepción de los agonistas de la GnRH, cuya prescripción (sin tratamiento hormonal sustitutivo) se limita a 6 meses. Si se desea tener un embarazo, los antiinflamatorios no esteroideos son los únicos fármacos indicados en el tratamiento del dolor asociado a la endometriosis.