L'évolution des techniques industrielles, agricoles et zootechniques a multiplié le nombre des sources de contamination et des agents toxiques des denrées alimentaires auxquels l'homme est exposé. La connaissance toxicologique d'une molécule débute par l'étude de ses propriétés physicochimiques et de son devenir métabolique afin de comprendre la nature et l'origine des symptômes observés. L'évaluation de sa toxicité fait ensuite appel à diverses études réalisées in vitro ou sur des animaux (toxicité aiguë, toxicité à court et à long terme, cancérogenèse, mutagenèse, allergénicité). Le but ultime de ces études est de pouvoir déterminer le rapport sécurité/risque des molécules étudiées chez l'homme et d'en déterminer la dose journalière admissible (DJA). Les principaux agents toxiques ainsi rencontrés dans les aliments peuvent être classés en six catégories, selon que ce sont des constituants naturels des aliments, des micro-organismes, des contaminants de l'agriculture et de l'élevage, des contaminants de l'industrie, des additifs alimentaires ou des substances formées au cours des traitements technologiques.

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