El pene es uno de los órganos en el que son más frecuentes las malformaciones o las variaciones de la norma, aunque en muchos casos sus consecuencias no son funcionales sino sólo estéticas. Es posible restablecer precozmente una anatomía normal para evitar problemas psicológicos en la adolescencia, debido a la importancia de este órgano en la imagen corporal. Sin embargo, el tratamiento quirúrgico no está exento de riesgos. A veces un epispadias peniano puede alterar la continencia. En casos excepcionales, algunas anomalías pueden comprometer el pronóstico vital, como sucede con las megauretras; en estas circunstancias, los objetivos del tratamiento y de la cirugía son de otro tipo: conservar la función renal, restablecer la continencia urinaria y permitir una función sexual satisfactoria.