La recherche par PCR de pathogènes à l’origine de diarrhées infectieuses est maintenant bien évaluée et reconnue pour ses atouts (sensibilité, délai de rendu et gain de temps technique). Étant l’un des premiers centres en France à avoir utilisé cette méthode, notre objectif était de partager notre expérience en rapportant rétrospectivement nos résultats sur 3 ans.

Depuis 2014, nous avons remplacé la coproculture par une PCR multiplexe « bactéries » ciblant C. jejuni/coli/lari, Salmonella spp, Shigella spp, E. coli vérotoxinogène/entéro-invasif, Y. enterocolitica et C. difficile. En cas de PCR positive, la selle est ensemencée en bactériologie pour identification d’espèce et antibiogramme (sauf pour C. difficile, non cultivé en routine). Sur demande, une PCR multiplexe « virus » ciblant adénovirus, rotavirus, norovirus GI et GII, sapovirus et astrovirus est réalisée.

De janvier 2015 à décembre 2017, 4104 PCR « bactéries » ont été réalisées et 503 diarrhées bactériennes diagnostiquées dont 2,8 % polybactériennes (n=14). Campylobacter était retrouvé dans 29,2 % des cas (n=147), Salmonella dans 23,1 % (n=116), Shigella dans 5,0 % (n=25) et, faits notables, C. difficile dans 34,6 % (n=174) et E. coli vérotoxinogène ou entéro-invasif dans 4,2 % (n=23). C. difficile exclu, des antibiogrammes ont pu être obtenus pour 44,7 % des PCR positives (n=147), dans 71,6 % des salmonelloses (n=83), 36,1 % des campylobactérioses (n=53) et 16,0 % des shigelloses (n=4). Sur la même période, 607 PCR « virus » ont été réalisées et 186 diarrhées virales diagnostiquées dont 13,4 % polyvirales (n=25). L’adénovirus était retrouvé dans 47,3 % des cas (n=88) et le rotavirus dans 41,9 % (n=78). Fait notable, 24,2 % des PCR positives l’étaient pour un autre virus du panel (n=44), dont 18,3 % à norovirus (n=34).

L’utilisation de la PCR nous a permis un gain de temps technique et un rendu rapide du résultat allant de quelques heures à J+3, offrant ainsi la possibilité d’une adaptation précoce du traitement probabiliste. La PCR multiplexe « bactéries » permet par ailleurs la détection parfois fortuite de C. difficile ou de E. coli pathogènes non identifiables par les techniques classiques. Sa principale limite reste que certains germes plus rarement impliqués ne sont pas recherchés (K. oxytoca, Vibrio spp). Enfin, l’antibiogramme n’est parfois pas obtenu, ceci étant possiblement lié à la sensibilité inférieure de la culture et à l’ensemencement plus tardif des selles. La PCR multiplexe « virus » permet quant à elle d’identifier une étiologie virale non liée aux virus usuellement recherchés (rotavirus et adénovirus) dans près d’un quart des cas.