Depuis 10 ans, la technologie MALDI-TOF a révolutionné l’identification bactérienne en routine dans les laboratoires de bactériologie. Par ailleurs, en deux ans, la taxonomie des Propionibacterium a été largement revue avec individualisation du genre Cutibacterium, incluant C. acnes, C. granulosum, C. avidum et 2 nouvelles espèces récemment décrites : C. humerusii et C. namnetense. L’objectif de cette étude était de déterminer la prévalence de C. namnetense dans la collection du laboratoire avant l’arrivée du MALDI-TOF et d’investiguer les circonstances de l’isolement clinique.

Nous avons repris les souches identifiées à Propioniobacterium sp. entre 2010 et 2012. Après isolement, les souches identifiées initialement par des tests et galeries phénotypiques (Api20A) ont été identifiées par spectrométrie de masse VitekMS et par identification moléculaire par séquençage des gènes gyrB et ARN 16S.

Sur les 269 souches dédoublonnées retrouvées (toutes natures de prélèvement confondues), 246 étaient identifiées respectivement à C. acnes, 18 à C. granulosum et 5 à Cutibacterium sp. par les techniques phénotypiques. L’identification spectrale révélait 231C. acnes, 5C. granulosum, 14C. avidum, ainsi que 13 échecs d’acquisition de spectre et 6 souches appartenant à un genre différent. En revanche, l’identification moléculaire des 262 Cutibacterium sp. confirmait l’identification de 236C. acnes, 5C. granulosum, 17C. avidum, 1 Propionimicrobium lymphophilum et 3C. namnetense. Aucun C. humerusii n’était retrouvé. Deux des trois C. namnetense avaient été identifiés à C. acnes et l’un était en échec d’acquisition de spectre. La prévalence de cette nouvelle espèce sur cette période est de 1,1 %. Deux des trois patients présentaient une ostéite comme le patient avec la souche initiale (3/3 et 4/4 prélèvements positifs, dans les deux cas).

C. namnetense, décrit en 2016, s’avère rare dans notre collection. Son tropisme osseux nécessite une étude prospective multicentrique, d’autant que nous l’avons retrouvé prospectivement dans d’autres prélèvements, notamment une spondylodiscite. Son caractère pro-inflammatoire reste à confirmer. Par ailleurs, les modifications taxonomiques et l’émergence de nouvelle espèce en clinique imposent une actualisation régulière des bases de données du MALDI-TOF.