Le SGC est une maladie rare dont le traitement repose, en cas d’insuffisance intestinale chronique, sur un support parentéral (SP). La présence de côlon en continuité du grêle restant permet une réduction des besoins du SP par amélioration des capacités d’absorption. Cette adaptation intestinale permet une récupération énergétique mais peut être source de complications comme la lithiase oxalique et l’encéphalopathie D lactique. Les modifications du microbiote fécal des patients SGC jouent un rôle important dans l’adaptation intestinale. Des approches de modulation du microbiote pourraient devenir un outil thérapeutique dans le SGC. Aujourd’hui la transplantation de microbiote fécal (TMF) à visée thérapeutique commence à être faite à partir de selles congelées (et non fraîches) avec peu de données sur l’impact de la congélation sur le microbiote. L’objectif était de développer une méthode de congélation des selles préservant la composition et la fonctionnalité du microbiote.

L’étude portait sur 2 patients issus de la cohorte de SGC de l’hôpital Beaujon. Ils présentaient un SGC (grêle<1m) avec sigmoïde et rectum en continuité du grêle. Pour le premier patient, il s’agissait d’un SGC secondaire à une entérocolite ulcéronécrosante à la naissance (soit 27 ans avant) et il était sevré de nutrition parentérale (NP) et pour l’autre d’une ischémie mésentérique aigue sur bas débit, 4 ans auparavant et il nécessitait toujours de la NP 7j/7. Les selles ont été étudiées en culture sur selles fraîches (SF) et à 2 mois de congélation (M2) en présence de différents cryprotectants : glycérol 10 % (G10), glycérol 80 % (G80) ou mélange polysaccharidique (MT) pour étudier la viabilité du microbiote. Un dosage de métabolites produits par le microbiote : les acides gras à chaînes courtes (AGCC) a été réalisé pour évaluer la conservation de la fonctionnalité du microbiote.

Le G10 et le MT permettent une excellente conservation de la viabilité du microbiote : en culture, perte de moins d’1 log UFC/g de selles à M2 pour Enterobacteriaceae, Enterococcus spp., Lactobacillus spp. et Bifidobacterium ; perte d’entre 1 et 2 log UFC/g de selles pour Bacteroides et Clostridium perfringens. Le G10 et le MT permettent la meilleure conservation des AGCC : 17mM d’acétate avec G10 ou MT contre 14mM sur SF pour un patient et 13mM d’acétate avec G10, 16mM avec MT et 10mM sur SF. Les résultats vont dans le même sens avec le propionate.

Au total, cette technique de conservation des selles donne des résultats encourageants qui faciliteraient la TMF chez les patients SGC. Le G10 et le MT permettent la conservation de la viabilité et de la fonctionnalité du microbiote.