Le microbiote intestinal joue un rôle important dans le fonctionnement de l’organisme et ses déséquilibres sont liés à de nombreuses pathologies. Il apparaît donc comme une nouvelle cible thérapeutique potentielle. De plus en plus d’études tentent donc de mettre en évidence des facteurs influençant sa composition ou son activité. Parmi les facteurs modifiables, l’alimentation semble être un contributeur important.

L’objectif de cette étude est de caractériser les relations entre alimentation et composition du microbiote intestinal au sein d’une population d’adultes en bonne santé.

Cette étude a été menée sur 862 individus en bonne santé de la population Consortium Milieu Intérieur. Des données alimentaires ont été collectées via un questionnaire de fréquence alimentaire. La composition du microbiote intestinal a été déterminée dans les selles par séquençage du gène codant pour l’ARN ribosomique 16S. Les indices d’α-diversité (diversité : Div ; richesse observée : Sobs) et la matrice de β-diversité (distance de Bray-Curtis) ont été déterminés.

Les corrélations de Spearman ont été calculées entre chacune des variables alimentaires et les indices d’α-diversité. Les associations entre les variables alimentaires et la matrice de β-diversité ont été calculées par PERMANOVA ajustées sur l’IMC, le sexe, l’âge et le statut tabagique. Une correction de Benjamini–Hochberg (False Discovery Rate de 10 %) a été appliquée.

Les corrélations de Spearman montrent que 9 (respectivement 6) facteurs sont significativement associés à l’indice Div (respectivement Sobs). Ainsi, Div augmente avec la consommation de poisson, œufs, fruits crus et diminue avec la consommation de viande, viennoiseries, produits frits, plats cuisinés, desserts et sodas (r de Spearman compris entre −0,15 et 0,13) ; et Sobs augmente avec la consommation de poisson et fruits crus et diminue avec la consommation de charcuterie, produits frits, plats cuisinés et sodas (r de Spearman compris entre −0,17 et 0,13).

Les PERMANOVA montrent que 3 facteurs sont significativement associés à la β-diversité. Les consommations de produits laitiers (hors fromages), fruits crus et légumes crus expliquent ainsi 0,577 % de la variation de la composition globale.

Cette étude suggère l’existence d’associations entre les consommations alimentaires et différents indicateurs de la composition du microbiote intestinal au sein d’une population d’adultes en bonne santé. L’analyse de l’association spécifique de chacune des variables alimentaires à l’échelle taxonomique est en cours via l’utilisation de modèles d’associations multivariées avec modèle linéaire (MaAsLin).