Clinique.

Le microbiote est considéré comme un organe à part entière dont les déséquilibres sont associés à la survenue de pathologies chroniques métaboliques, mais également prolifératives. La composition du microbiote est influencée par de nombreux facteurs, notamment alimentaires. Notre objectif est d’évaluer la relation entre les principaux composants alimentaires et la composition du microbiote fécal.

L’analyse d’enquêtes alimentaires sur 3 j, (Nutrilog 3.11) a été mise en lien avec la composition du microbiote fécal, chez 30 femmes en bonne santé. Les analyses du microbiote ont été menées par séquençage de la région V3–V4 de l’ADNr 16S (MiSeq, Illumina^©). Richesse, diversité microbienne, abondances et % des phyla microbiens sont comparés entre le 1^er quartile (Q1) et le 4^e quartile (Q4) d’apport des principaux macronutriments (test de Wilcoxon, SAS v 9.4) : apport en glucides (simples et complexes), en protéines (végétales et animales), en lipides (AGS, AGMI, AGPI, Ω3, Ω6, LA, ALA, DHA et EPA) et alcool (résultats exprimés en médiane [Q1 vs Q4].

La diversité (indice Shannon) et la richesse microbienne (indice Chao1) ne sont pas impactées par les variations d’apport de macronutriments. L’apport quotidien en alcool est associé à l’abondance bactérienne (Log bact. totales : 11,29[11,24–11,37] vs 11,46[11,39–11,57], p=0,0128), et l’apport en protéines animales à des différences d’abondance relative en Bacteroidetes (p=0,032).

Les abondances relatives des principaux phyla sont significativement différents selon l’apport lipidique total, avec notamment une abondance relative plus importante en Firmicutes (58,54 % [52,44–60,60] vs 51,27 % [45,51–54,49], p=0,04) et plus faible en Bacteroidetes (33,69 % [29,48–36,39] vs 41,89 % [34,26–45,11], p=0,04) pour les forts consommateurs. Un apport accru en acides gras saturés est associé de façon significative à une diminution de l’abondance relative du phylum Proteobacteria (3,94 % [2,79–4,62] vs 1,79 % [1,28–3,23], p=0,04) et une diminution du ratio Firmicutes/Bacteroidetes (2,05 [0,94–2,48] vs 0,40 [0,27–0,72], p=0,009). De la même façon, les abondances relatives des phyla bactériens diffèrent significativement selon l’apport en AGMI et AGPI, notamment les AGPIΩ6 avec une abondance relative augmentée du phylum Verrucomicrobia associée à un apport accru en LA (0,88 % [0,12–1,38] vs 2,9 % [1,92–4,27], p=0,003). Les AGPIΩ3,tels que EPA et le DHA, sont associés à une diminution de l’abondance relative de certains phyla en particulier Proteobacteria (p=0,005 et p=0,01), respectivement.

L’analyse de la composition du microbiote fécal en lien avec les apports nutritionnels de femmes en bonne santé met en évidence la relation entre les apports journaliers en alcool, protéines animales et végétales et l’abondance relative des principaux phyla. L’apport lipidique apparaît étroitement lié à la composition de la flore, selon le type d’acides gras considéré. Cette étude préliminaire suggère qu’une modulation du microbiote pourrait être testée à travers des apports nutritionnels, notamment lipidiques, adaptés.