A preliminary analysis of the sequence alignment of the chloroplast intergene atpβ-rbcL in tribe Valerianeae reveals that insertion-deletion evolutionary events (‘indels'), combined with nucleotide substitutions, have occurred in large zones in some of the studied taxa. Due to the frequent occurrence and large size of indels within this tribe, intergene length varies from 531 to 788 base pairs within the studied species. This situation poses gap coding problems that we had to tackle before phylogenetic analysis. Four methods of gap coding were used: elimination of gapped sites (‘complete omission'), ‘missing data', ‘fifth base' and Barriels coding method, which translates indels into new multistate characters in the data matrix. After application of these four methods of data treatment, phylogenetic analyses (maximum parsimony) did not lead to very different results. Three robust clades emerged in each case, corresponding to the Centranthinae subtribe (genus Centranthus), the Fediinae subtribe (genera Fedia and Valerianella), and the American species of Valeriana. The theoretical basis and biological significance of these four methods are discussed in order to apply the best ones in future studies.

Dans la tribu des Valerianeae, l'analyse préliminaire de séquences alignées de l'intergène chloroplastique atpβ-rbcL révéle que les événements évolutifs d'insertion-délétion (« indels »), combinés à des substitutions de nucléotides, ont pris une extension importante chez certains des taxons étudiés. En raison de la fréquence et de l'importance des indels dans cette tribu, la longueur de l'intergène varie de 531 à 788 paires de bases selon les espèces étudiées. Cette situation pose des problèmes de codage des gaps, qu'il était nécessaire de résoudre avant d'aborder l'analyse phylogénique. Quatre méthodes de codage ont été utilisées : élimination de tous les sites présentant un gap (complete omission), missing data, fifth base, ainsi que la méthode de codage proposée par Barriel, qui remplace les indels par de nouveaux caractères multiétats dans la matrice de données. Quelle que soit la méthode de codage utilisée, les résultats de l'analyse phylogénique (par maximum de parcimonie) se sont révélés peu différents. Dans chaque cas, trois clades robustes sont mis en évidence, correspondant respectivement à la sous-tribu des Centranthinae (genre Centranthus), à celle des Fediinae (genres Fedia et Valerianella), et aux espèces américaines de Valeriana. Les bases théoriques et la signification biologique de ces quatre méthodes sont cependant discutées en vue de sélectionner les meilleures approches pour les études ultérieures.