The originally described method of isolation of mouse ES cells was from implantationnally-delayed blastocysts that were subsequently explanted into tissue culture. The cell colony arising from the ICM proliferation was disaggregated and cultures established on mitotically inactivated fibroblast feeder layers. The use of delayed blastocysts is advantageous, but not essential, and ES cells have been similarly derived by explantation of cleavage-stage embryos and also early embryonic epiblast. ES cells are probably not homologous to ICM cells, but may better match five-day epiblast.

Dans la méthode originelle, les cellules ES de souris étaient isolées à partir de blastocytes à l'implantation différée, qui étaient transférés en culture. La colonie cellulaire formée à partir de la masse cellulaire interne était désagrégée et les cultures établies sur des couches nutritives fibroblastiques, dont la capacité mitotique était inactivée. Utiliser des blastocytes différés présentait certains avantages, mais non essentiels, et on a pu obtenir des cellules ES similaires à partir d'embryons en voie de segmentation et, également, à partir de l'épiblaste précoce. Ces cellules ES ne sont peut-être pas homologues aux cellules de la masse cellulaire interne, mais pourraient ressembler plus étroitement à l'épiblaste de cinq jours.