La technologie des « puces à ADN » n'est désormais plus seulement limitée à l'étude de l'expression des gènes. De nouveaux et nombreux champs d'application bénéficient de cette technologie, en particulier l'étude fine de l'ADN chromosomique. En quelques années, elle est devenue une technologie de référence robuste et de plus en plus reproductible entre laboratoires. Ces avancées ont transformé ce qui n'était il y a cinq ans encore qu'un potentiel en une technologie bientôt incontournable dans l'investigation clinique, les domaines de la génétique et de la cancérologie en étant actuellement deux exemples. Au sein de l'Institut Cochin, les besoins croissants des équipes de recherche dans le domaine de la génomique ont justifié la mise en place d'outils performants pour répondre aux besoins exprimés. Présente dans l'activité « puces à ADN » depuis 2003, la plate-forme génomique de l'Institut a accru ses capacités en se dotant depuis juin 2007 d'une station Affymetrix. Les performances reconnues de cet appareil, les diminutions importantes des coûts des puces devraient permettre de répondre aux besoins des équipes de recherche de l'IFR Alfred-Jost et à ceux de certaines équipes hospitalières du site. L'exploitation des données haut débit nécessite des compétences bio-informatique et statistique spécifiques. Dans ce but, une équipe bio-informatique (regroupant des ingénieurs Inserm, CNRS et université) a été mise en place en 2006 pour répondre aux demandes des équipes de recherche rattachées à l'université Paris-Descartes dans les domaines de la gestion et de l'étude statistique des données haut débit.

Microarray technology has become a powerful tool jumping from transcript-level analyses to many other areas of genomics. For example, the technology has reached a sufficient level of detection and specificity to allow the evaluation and a detailed analysis of variation in genomic DNA such as SNPs, gene copy number and structural variations. Furthermore, the high level of reproductibility that can now be achieved across laboratories opens up further its potential in clinical investigation (genetic and cancer, for example). Within the Cochin Institute and the IFR Alfred-Jost, a growing number of research projects in the field of genomics studies, as well as the hospitalʼs need, have led us to develop a transcriptomic and genomic platform. In June 2007, we decided to develop the Instituteʼs genomic facility by introducing the Affymetrix technology. The performances of the technology combined with the continuing reduced cost allow to envisage new projects of fundamental and clinical research particularly at the IFR Alfred-Jost. Beside this technological development, a bioinformatic team (with Inserm, CNRS and University engineers), has been created in late 2006 at the Paris-Descartes University. The objectives are to bring together the high-throughput genomic technologies with competences in the bioinformatic and statistical analyses fields of data issued from these approaches.