Human pegivirus-1 (HPgV-1) RNA prevalence and genotypes in volunteer blood donors from the Brazilian Amazon - 04/07/19

Étude de prévalence et caractérisation des génotypes du pegivirus-1 humain (HPgV-1) chez des donneurs de sang volontaires vivant en Amazonie Brésilienne

Doi : 10.1016/j.tracli.2019.06.005

S.N. Slavov ^a,^b,^⁎ , R. Maraninchi Silveira ^a, M.R. Hespanhol ^a, V. Sauvage ^c, E.S. Rodrigues ^a, L. Fontanari Krause ^d, H.T. Bittencourt ^e, V. Caro ^f, S. Laperche ^c, D.T. Covas ^a, S. Kashima ^a
^a Regional Blood Center of Ribeirão Preto, Faculty of Medicine of Ribeirão Preto, University of São Paulo, 14051-140 Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil
^b Department of Internal Medicine, Faculty of Medicine of Ribeirão Preto, University of São Paulo, 14051-140 Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil
^c Institut national de la transfusion Sanguine (INTS), département d’études des Agents transmissibles par le sang (DATS), Centre national de référence risques infectieux transfusionnels, 75015 Paris, France
^d Laboratory of Biosciences, Franciscan University, 97010-030 Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brazil
^e Institute of Hematology and Hemotherapy of Amapá, 68900-074 Macapá, Amapá, Brazil
^f Pole for Genotyping of Pathogens (PGP), Laboratory for Urgent Response to Biological Threats, Environment and Infectious Risks Research and Expertise Unit, Institut Pasteur, 75724 Paris, France

^⁎Corresponding author at: Laboratory of Molecular Biology, Regional Blood Center of Ribeirão Preto, Faculty of Medicine of Ribeirão Preto, University of São Paulo, Rua Tenente Catão Roxo 2501, 14051-140 Ribeirão Preto, São Paulo, Brazil.Laboratory of Molecular Biology, Regional Blood Center of Ribeirão Preto, Faculty of Medicine of Ribeirão Preto, University of São PauloRua Tenente Catão Roxo 2501Ribeirão Preto, São Paulo14051-140Brazil

Sous presse. Épreuves corrigées par l'auteur. Disponible en ligne depuis le Thursday 04 July 2019
Cet article a été publié dans un numéro de la revue, cliquez ici pour y accéder

Abstract

Objectives

The objectives of this study were to evaluate the prevalence of Human Pegivirus-1 (HPgV-1) viremia and genotype diversity among healthy blood donors from the Eastern Brazilian Amazon (city of Macapá, State of Amapá). There is little information for prevalence and circulation of HPgV-1 in this remote Brazilian region.

Materials and methods

We conducted a study evaluating the HPgV-1 RNA prevalence and circulating genotypes in 431 volunteer blood donors originating from the Eastern Brazilian Amazon. The obtained HPgV-1 positive samples were submitted to sequencing and genotyping analysis in order to examine the genotype diversity of this virus in the Brazilian Amazon.

Results

Our results demonstrated a prevalence of HPgV-1 RNA in 9.5% of the tested blood donors. The phylogenetic analyses of the detected positive samples showed the presence of HPgV-1 genotypes 1, 2 and 3. The most frequently detected genotype was 2 (78.0% of the cases) represented by sub-genotypes 2A (39.0%) and 2B (39.0%). At lower rates, genotypes 1 (14.6%) and 3 (7.4%) were also detected.

Conclusion

Our results revealed the presence of genotypes with European, Asiatic and African endemicity in Amazonian blood donors, probably due to the complex miscegenation processes that took place in this Brazilian region. More investigations, including information for the prevalence of HPgV-1 RNA in blood donors from other Latin American countries are needed to estimate the viremic rates and genotype distribution of this virus in a highly diverse continent like South America.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

Objectifs

Les objectifs de cette étude ont été d’évaluer la prévalence et la diversité génomique du Pegivirus-1 humain (HPgV-1) chez des donneurs sains issus de l’Amazonie brésilienne (ville de Macapá, état de Amapá). Il existe peu d’information sur la circulation de HPgV-1 dans ces régions reculées du Brésil.

Materiel et méthodes

Nous avons évalué la prévalence du HPgV-1 et déterminé les génotypes circulant chez 431 donneurs de sang volontaires, originaires de l’Amazonie brésilienne orientale. Les isolats obtenus par PCR nichée ont été soumis au séquençage et à une analyse phylogéntique.

Résultats

Les résultats de l’étude révèlent chez les donneurs de sang testés une prévalence de l’ARN du HPgV-1 de 9,5 %. L’analyse phylogénétique des échantillons testés positifs démontre la présence des génotypes 1, 2 et 3. Le génotype 2 est le plus prévalent (78 % des souches), représenté en proportion équivalente par les sous-génotypes 2A et 2B. Dans une moindre proportion ont été détectés les génotypes 1 (14,6 %) et 3 (7,4 %).

Conclusion

Les résultats de l’étude démontrent la circulation, chez les donneurs de sang vivant en Amazonie brésilienne, de génotypes présents en Europe, en Asie et en Afrique. Ceci est probablement le résultat de processus complexes de métissage qui ont eu lieu dans cette région isolée du Brésil. Des investigations complémentaires, chez des donneurs de sang vivant dans d’autres pays d’Amérique latine, sont nécessaires pour évaluer la prévalence et la distribution globale des génotypes de l’HPgV-1 au sein de ce très large continent qu’est l’Amérique du Sud.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Human Pegivirus-1, HPgV-1, Blood donors, Prevalence, Genotype, Brazilian Amazon

Mots clés : Pegivirus-1 humain, HPgV-1, Donneurs de sang, Prévalence, Génotype, Amazonie brésilienne