Lors de la nécrolyse épidermique (NE), la destruction épithéliale favorise la colonisation par des bactéries pathogènes opportunistes (BPO) et des infections possiblement à point de départ cutané (bactériémies à S. aureus et à P. aeruginosa). Nous avons étudié l’évolution du microbiote cutané entre les phases de décollement et de ré-épidermisation chez les patients atteints de NE.

Dans cette étude monocentrique et prospective financée par la SFD (AO 03/2018), tous les patients adultes hospitalisés entre juin 2018 et mars 2019 pour NE avec décollement>10 % ont été inclus. Des prélèvements cutanés par écouvillonnage (Eswab®) sur des zones cutanées saines, en peau décollée/décollable (DD) ou décollée/lésée (DL) ont été effectués 3 fois par semaine jusqu’à épidermisation. À chaque prélèvement, une zone séborrhéique (torse), 3 zones humides (pli du coude, inguinal et ombilic/abdomen) et 2 zones sèches (avant-bras et cuisse) ont été prélevées. Un séquençage ciblé du gène de l’ARN ribosomal 16S (V3–V4) sur Miseq Illumina® a été effectué après extraction automatisée (QIAsymphony®). Un recueil prospectif des données cliniques était réalisé.

Cent cinquante trois échantillons (5 patients) ont pu être analysés (Annexe A). Un total de 11 023 208 séquences brutes ont été utilisées pour l’analyse métagénomique ciblée, permettant à 99,97 % [99,82 %>100 %] une identification jusqu’au genre. Les 4 genres prédominants étaient : Pseudomonas, Staphylococcus, Corynebacterium et Enterobacter. Chez un même patient, la diversité bactérienne était significativement réduite sur la peau DL par rapport à la peau en cours d’épidermisation (p=0,0094). Par ailleurs, sur peau DL, la diversité était différente entre les zones séborrhéiques et les autres (p=0,028). Entre les patients, la diversité bactérienne était différente en peau DL qualitativement (p=0,082) et quantitativement (p=0,007). Les 5 patients avaient des profils de diversité différents. Le microbiote se modifiait au cours de la maladie : les Staphylococcus apparaissaient en premier puis les Pseudomonas et enfin les Corynebacterium vers la phase d’épidermisation (Annexe A).

Lors de la phase de décollement on observait une perte homogène du microbiote sain au profit de BPO. On notait une prédominance de Staphylococcus et de Pseudomonas puis le microbiote se rediversifiait lors de l’épidermisation avec réapparition de bactéries commensales (Corybacterium). Nous n’avons pas observé de microbiote spécifique à la NE mais seulement 5 patients inclus. Les modifications temporelles de la colonisation bactérienne sont similaires à celles décrites chez les grands brûlés.

Cette approche de métagénomique ciblée a permis un suivi dynamique du microbiote au cours de la NE. Ces résultats devront être mis en perspective avec des méthodes quantitatives.