Le microbiote buccal est l'ensemble des micro-organismes présents dans la cavité buccale. Ces micro-organismes sont essentiellement des bactéries, environ 700 espèces. Des virus, des fungi, des protozoaires et des archées sont également présents. Appelée longtemps flore buccale, le microbiote buccal est acquis à la naissance à partir des microbiotes maternels et environnementaux. Ces microbiotes colonisent la cavité buccale de l'enfant. L'éruption des dents temporaires modifie drastiquement l'écosystème existant. De nouvelles surfaces aux caractéristiques physico-chimiques différentes sont à coloniser. Globalement, la diversité et la richesse bactérienne augmentent et divergent du microbiote maternel lors du développement de la cavité buccale et dès l'âge de 2 ans seraient proches de celles observées chez l'adulte. Le microbiote buccal forme un biofilm ou plaque dentaire sur les surfaces dentaires en fonction de l'environnement et de la réponse de l'hôte. À l'état sain, avec une bonne hygiène dentaire, la composition du microbiote reste stable en équilibre avec son environnement et l'hôte. L'équilibre du microbiote reste cependant fragile et sous l'influence de différents facteurs tels que l'excès de sucres, d'acide, l'absence de brossage de dents, etc. Un déséquilibre du microbiote appelé dysbiose se produit et peut localement entraîner la maladie carieuse ou parodontale. Les analyses par les nouvelles générations de séquençage (NGS) des microbiotes pathologiques tels que la plaque dentaire collectée au sein d'une lésion carieuse ou d'une poche parodontale montrent que certaines espèces bactériennes sont communes mais leur proportion a été modifiée, que certaines espèces sont apparues tandis que d'autres ont disparu par rapport à un microbiote prélevé sur des surfaces saines. Les maladies infectieuses locales dues à la dysbiose entraînent une inflammation, une réponse de l'hôte. Le concept de cavité buccale dysbiotique en tant que source d'infection à distance est aujourd'hui admis. Ainsi, les maladies parodontales, avec leur charge bactérienne importante associée à une défaillance du système immunitaire, sont des facteurs de comorbidité de différentes pathologies d'organes comme les pathologies cardiovasculaires, pulmonaires, rénales. À leurs côtés, les patients atteints de maladies systémiques telles que le diabète, la polyarthrite rhumatoïde et le lupus érythémateux systémique sont plus susceptibles aux maladies parodontales destructives. L'expression de médiateurs locaux modifierait la composition du microbiote buccal et engendrerait la dysbiose.