La consolidation progressive des bases de données médico-administratives nécessite d’avantage d’interopérabilité et de standardisation. OMOP est un modèle commun utilisé internationalement par de multiples acteurs académiques et industriels pour l’analyse de données de santé (« Electronic Health Records »). En proposant une structure de données et une sémantique communes, il permet une portabilité instantanée outils d’analyse, facilitant la réalisation d’études dans des structures différentes. Nous présentons une conversion du Système national des données de santé (SNDS) à ce format dans le cadre d’interChu, un réseau français de bases OMOP.

Nous proposons un alignement en deux temps. Structurel : extraction des données et alimentation du schéma de la base de données OMOP. Sémantique : conversion des codes sources (CIM10, CCAM, CIP13,...) en champs standards correspondant aux terminologies internationales de référence (Snomed, RxNorm, Loinc). Nous avons mutualisé les connaissances des utilisateurs du SNDS pour établir les spécifications de l’alignement. Nous centralisons les correspondances terminologiques existantes sur une plateforme collaborative. Les outils développés s’appuient sur les technologies à l’état de l’art pour le traitement de données massives (« spark »).

Une chaîne de traitement unique a été implémentée intégrant le nettoyage des données et l’alignement pour 12 des 22 tables cibles cliniques, économiques et d’offre de soins. La base OMOP constituée comprend notamment 1,5 milliards visites, 10 millions diagnostics principaux, 606 millions achats de médicaments. Les principales terminologies du SNDS ont été alignées vers les standards internationaux à hauteur de 74 % en moyenne : CIM10=100 %, CCAM=0 %, CIP13=99,7 %, professions de santé=25 %, nature de prestation=10 %.

Le développement de correspondances vers des standards comme OMOP permet de faciliter l’utilisation du SNDS. La perspective d’une base standard offre une meilleure qualité des données, des outils et des méthodes communes ainsi qu’une visibilité accrue. Des efforts conséquents restent à faire sur la correspondance sémantique, a minima pour des études françaises alignées et sur le développement de premiers cas d’étude mettant à l’épreuve la base standard constituée.