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Analysis of the molecular mechanism of Pudilan (PDL) treatment for COVID-19 by network pharmacology tools - 18/06/20

Doi : 10.1016/j.biopha.2020.110316 
Qi Kong a, , Yue Wu a, Yu Gu a, Qi Lv a, Feifei Qi a, Shuran Gong a, Xiuping Chen b,
a Institute of Laboratory Animal Sciences, Chinese Academy of Medical Sciences (CAMS) and Comparative Medicine Center, Peking Union Medical College (PUMC), Key Laboratory of Human Disease Comparative Medicine, Chinese Ministry of Health, Beijing Key Laboratory for Animal Models of Emerging and Reemerging Infectious Diseases, 5 Panjiayuan Nanli, Chaoyang District, Beijing 100021, PR China 
b Medical College, Qingdao University, Qingdao 266071, PR China 

Corresponding authors.

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Highlights

Pudilan (PDL) was proven to be useful in the treatment of 2019 novel coronavirus disease (COVID-19).
Pudilan (PDL) might inhibit the cytokine storm in 2019 novel coronavirus disease (COVID-19) by affecting Interleukin-1β (IL-1β) and related proteins.
Pudilan (PDL) might prevent the entry of SARS-CoV-2 into cells by affecting angiotensin I converting enzyme 2 (ACE2).
Pudilan (PDL) might also moderate human immune system with traditional Chinese medicine theory.

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Abstract

Background

Pudilan (PDL), a four-herb prescription with the traditional function of heat-clearing and detoxifying, has been clinically used as an anti-SARS-CoV-2 infectory agent in China. PDL might also have therapeutic potentials for COVID-19 while the underlying mechanisms remain to be clarified.

Methods

We used network pharmacology analysis and selected 68 co-targeted genes/proteins as targets of both PDL and COVID-19. These co-targeted genes/proteins were predicted by SwissDock Server for their high-precision docking simulation, and analyzed by STRING for proteins to protein interaction (PPI), pathway and GO (gene ontology) enrichment. The therapeutic effect for PDL treatment on COVID-19 was validated by the TCMATCOV (TCM Anti COVID-19) platform.

Results

PDL might prevent the entrance of SARS-CoV-2 entry into cells by blocking the angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). It might inhibit the cytokine storm by affecting C-reactive protein (CRP), interferon-γ (IFN-γ), interleukin- 6 (IL-6), interleukin- 10 (IL-10), tumor necrosis factor (TNF), epidermal growth factor receptor (EGFR), C-C motif chemokine ligand 5 (CCL5), transforming growth factor-β1 (TGFβ1), and other proteins. PDL might moderate the immune system to shorten the course of the disease, delay disease progression, and reduce the mortality rate.

Conclusion

PDL might have a therapeutic effect on COVID-19 through three aspects, including the moderate immune system, anti-inflammation, and anti-virus entry into cells.

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Abbreviations : ACE2, ARDS, BXTM, COVID-19, LHQW, HSZF, PDL, SARS-CoV-2, SFJD, TCM

Keywords : SARS-CoV-2 infection, COVID-19, Traditional Chinese herbs, Targeted therapy, Network pharmacology


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