Les infections respiratoires sont causes majeures de surconsommation d’antibiotique, notamment en service de réanimation du fait du délai des cultures conventionnelles. L’approche syndromique FilmArray Pneumoniae Panel plus (FAPP) identifie en une heure 27 pathogènes responsables d’infections respiratoires basses et 7 marqueurs de résistance aux antibiotiques. Le but de l’étude est d’évaluer l’impact d’un test syndromique rapide sur la prise en charge des pneumopathies.

Au sein d’un groupe hospitalier, une PCR multiplex FAPP a été réalisée sur liquide broncho-alvéolaire ou aspiration bronchique chez des patients atteints ou suspects de pneumopathie en 2019. Nous avons évalué rétrospectivement la concordance de cette méthode avec la culture conventionnelle et son impact sur la consommation d’anti-infectieux (AI) dans la prise en charge des pneumopathies.

Une PCR a été réalisée dans 54 cas (37 hommes, 17 femmes) dont 18 nosocomiaux. Les patients avaient un âge médian de 61,5 ans (20–84) et séjournaient en réanimation (42), médecine infectieuse (10), médecine polyvalente (1) et pneumologie (1). La PCR était positive dans 35 cas : 12 PCR virales dont 5 co-infections bactériennes et 28 PCR bactériennes dont 11 co-infections bactériennes. Le gène de résistance CTXM a été détecté 4 fois. Les bactéries retrouvées par PCR étaient : entérobactéries (16), Pseudomonas aeruginosa (4), Haemophilus influenzae (11), S. pneumoniae (4), S. aureus (6), Moraxella catarrhalis (2), Mycoplasma pneumoniae (1), Legionella pneumophila (1). Dans 24 cas dont 12 non infectieux, les PCR étaient négatives avec des cultures négatives. Parmi les PCR bactériennes positives, il y avait 8 concordances parfaites avec la culture, une meilleure sensibilité de la PCR par rapport à la culture dans 19 cas (culture similaire mais 1 agent détecté en plus par PCR [3]), culture négative ou flore polymorphe (13 dont 10 cas avec antibiothérapie préalable), germe atypique (2), Moraxella (1) et un cas discordant avec PCR positive à Klebsiella pneumoniae et culture à Morganella morganii (MM) BLSE. MM n’est pas dans le panel de la PCR et il s’agissait probablement d’une BLSE non CTXM. Pour 8 PCR bactériennes positives, il existait des co-infections signant un portage plutôt qu’une infection plurimicrobienne. Sur les 96 AI prescrits, la PCR a conduit à une adaptation rapide des AI : arrêt (32 ; 33 %), introduction (11 ; 11 %), réduction du spectre (6 ; 6 %), élargissement du spectre (3 ;3 %), aucune action (19 ; 20 %).

La PCR FAPP est plus sensible que la culture standard notamment en cas d’antibiothérapie préalable avec une bonne concordance microbiologique. Un agent pathogène détecté implique une réflexion clinique afin de dissocier colonisation et infection. La PCR est un outil rapide d’épargne et d’adaptation antibiotique notamment en service de réanimation.