La culture bactérienne est toujours le « gold standard » pour le diagnostic des infections respiratoires basses (IRB) avec un rendu final, au mieux, dans un délai de 48–72h. Le panel syndromique Filmarray® Pneumonia Panel plus (FA-PP) permet la détection simultanée de 18 bactéries dont 15 avec une semi-quantification (en copies d’ADN/mL), 9 virus et 7 déterminants de résistance dans un délai rapide (environ 1h). L’objectif de l’étude a été d’évaluer les performances du FA-PP par rapport à celles de la culture.

Cette étude a été menée dans 11 centres, entre juillet et décembre 2018. Les prélèvements respiratoires (expectorations, aspirations endotrachéales [AET] et lavages broncho-alvéolaires [LBA]), ont été prospectivement inclus par les microbiologistes et/ou cliniciens. Parallèlement aux techniques conventionnelles (culture semi-quantitative [en UFC/mL], identification, antibiogramme), un test FA-PP (kit « Research Use Only ») a été réalisé.

Un total de 515 échantillons a été inclus : 58 expectorations, 217 AET et 240 LBA, prélevés principalement chez des adultes (93,8 %) et des patients en réanimation (87,8 %). Les principales bactéries retrouvées par les 2 approches étaient : Staphylococcus aureus (n=146), les Enterobacteriaceae (n=135), Haemophilus influenzae (n=106) et Pseudomonas aeruginosa (n=59). Le FA-PP a retrouvé la majorité des bactéries qui poussaient en culture (94 %, 374/397) en plus de détecter 294 cibles bactériennes supplémentaires dans 194 échantillons. La culture standard a permis d’identifier des bactéries hors panel : Citrobacter spp. (n=10), Stenotrophomonas maltophilia, Hafnia alvei et Morganella morganii (n=9 pour chacune). Le rendu semi-quantitatif était au moins égal à celui de la culture dans 88 % des cas, avec une surestimation (+ 1 à 2 log₁₀) fréquente avec le FA-PP. La concordance du FA-PP était de 68 % pour les β-lactamases à spectre étendu et de 59 % pour la méticillino-résistance. Plusieurs patients étaient positifs pour Legionella pneumophila (n=4) et Mycoplasma pneumoniae (n=4), tous confirmés par les méthodes standards. Le FA-PP a aussi retrouvé 81 virus dans 76 prélèvements dont 71 % de co-infections bactériennes.

Avec un rendu rapide et d’excellentes performances qualitatives, le FA-PP est un outil complémentaire à la culture pour le diagnostic des IRB sévères. Le FA-PP surestimant la semi-quantification en copies d’ADN/mL (pour lesquelles il n’y a pas de seuils de significativité) par rapport à la culture en UFC/mL, son interprétation impose un dialogue clinicobiologique pour l’adaptation précoce de l’antibiothérapie. L’impact clinique et le rapport coût–efficacité sont en cours d’évaluation.