Une enquête pour connaître les pratiques et les résultats des analyses de diagnostic des infections digestives bactériennes a été réalisée dans les hôpitaux français.

Un questionnaire, réalisé et traité sur Googleform puis Excel, a été diffusé en mai 2019 aux biologistes hospitaliers volontaires.

Les biologistes de 57 laboratoires (LBM) ont répondu représentant 93 structures hospitalières réparties sur tout le territoire.

Ces recherches sont peu prescrites : médiane=1040 coprocultures (CP) par an (337–5207) soit en moyenne 1,46 CP/lit/an.

En ce qui concerne la phase pré-analytique : 62 % (35/57) des LBM n’utilisent jamais de milieux de transport des selles (MTS) et 12 % (7/57) toujours. Le milieu Cary-Blair est utilisé par 77 % (17/22) des centres. La mise en MTS est faite en service dans 63 % (14/22) des cas. Plus de 50 % (29/55) des LBM ont établi des règles d’annulation (redondance, délai par rapport à l’admission, aspect de la selle). Le constat de selles dures entraîne le refus d’analyse dans 29 % (16/55) des centres.

En ce qui concerne la phase analytique : la culture reste la méthode de 1^re intention dans 87 % (50/57) des LBM. En cas d’utilisation de la biologie moléculaire, 2/3 des LBM continuent à faire la culture, systématiquement (1/3) ou si en cas de résultat positif (1/3). Ce test est côté en hors nomenclature (RIHN) de façon générale.

Les Salmonella et Shigella sont recherchées par tous les LBM (gélose Hektoen en majorité), avec des taux de positivité de 0,42 à 1,96 % (1084 souches) et 0 à 1,19 % (52 souches) respectivement. Campylobacter est recherché systématiquement par 90 % (51/57) des LBM, mais seuls 61 % (35/57) recherchent les Yersinia systématiquement. Seuls 40 % (23/57) des LBM recherchent les Aeromonas et Pleisiomonas en systématique. Un antibiogramme sur les souches pathogènes est effectué systématiquement dans 82 % (47/57) des LBM.

Concernant Clostridioides difficile, tous les LBM suivent les recommandations européennes, 78 % (44/57) des centres utilisent un test de biologie moléculaire mais la culture sur gélose reste utilisée par 55 % (31/57) des LBM.

Les LBM des centres hospitaliers français continuent à utiliser les méthodes traditionnelles de diagnostic des infections gastro-intestinales. Les pratiques sont variables en fonctions des centres et le prescripteur doit se rapprocher de son biologiste pour connaître les bactéries recherchées et les techniques utilisée. Les méthodes de biologie moléculaire syndromiques sont en développement mais pas encore à la nomenclature ce qui reste un frein à leur généralisation. Campylobacter est le germe le plus fréquemment trouvé.