L’E. coli uropathogène (UPEC) est responsable de 60 à 80 % des cas d’infections urinaires. Notre objectif était de définir génétiquement les UPEC d’AnTIC et de corréler avec celle-ci la mobilité bactérienne, connue comme étant un facteur de virulence, et l’utilisation des antibiotiques afin de savoir si l’antibioprophylaxie sélectionne des sous-groupes bactériens génétiques spécifiques et comment se développe la multirésistance.

AnTIC était une étude de supériorité ouverte et randomisée qui comparait l’antibioprophylaxie prolongée à un traitement antibiotique curatif pour la prévention des infections urinaires récidivantes chez des patients aux auto-sondages intermittents. Nous avons randomisé 96 échantillons d’UPEC, puis nous les avons génotypé afin de créer un arbre phylogénétique en utilisant le système MLST. La mobilité a ensuite été évaluée sur boite de Pétri et corrélée aux données génétiques. Enfin, nous avons utilisé la technologie du « next-generation sequencing » pour séquencer l’ensemble du génome des échantillons d’AnTIC, sélectionnés sur la base de profils de mobilité et de résistances aux antibiotiques.

Parmi nos échantillons d’E. coli, 44,8 % et 20,8 % appartenaient respectivement aux groupes B2 et D. Parmi l’ensemble des UPEC, 44 % étaient non mobiles et, s’ils étaient mobiles, 63 % présentaient une mobilité faible (≤1cm ; p<0,001) comparativement aux E. coli commensaux (mobilité moyenne de 3,3cm). L’analyse de la multirésistance parmi les souches d’UPEC a conduit au séquençage complet du génome de 50 autres souches d’AnTIC et de toutes les souches bactériennes du groupe D. Cette analyse nous a permis de mettre en évidence des mutations de gènes connues ou inconnues associés aux résistances aux antibiotiques comme les fluoroquinolones, la nitrofurantoïne, le triméthoprime et les B-lactamines. Ces mutations étaient retrouvées chez des patients exposés à ces antibiotiques durant l’étude AnTIC. Nous avons effectué ensuite le séquençage complet du génome sur des isolats d’UPEC provenant de 20 patients AnTIC ayant acquis une multirésistante (MDR) au cours de l’essai. L’analyse phylogénétique a révélé que neuf patients ont conservé la même souche qui a évolué en bactérie MDR plutôt que l’acquisition d’une nouvelle souche MDR.

Les UPEC habituellement retrouvés au cours des épisodes infectieux appartiennent au groupe B2. Notre proportion plus élevé d’UPEC du groupe D est probablement liée à notre population d’étude où la mobilité des UPEC ne semble pas être nécessaire à leur pathogénicité. L’analyse génétique permet de mieux appréhender la genèse de l’antibiorésistance permettant d’adapter la stratégie thérapeutique dans cette population particulière sujette aux infections urinaires récidivantes.