Les infections respiratoires représentent une part majeure des infections humaines. Certaines études ont centré le cadre de leur prospection à des services hospitaliers délimités comme les soins intensifs, à des pathogènes déterminés (Souty et al., 2019) ou encore à des zones géographiques restreintes (Masse et al., 2017) afin d’en déterminer les risques pour la population. Ce sont les infections à Picornavirus qui sont le plus fréquemment diagnostiquées (Ambrosioni et al., 2014 ; Monto et al., 2001) mais on observe également une part importante d’infections virales multiples. L’utilisation récente de systèmes de détection multiplexés permet actuellement d’énumérer avec précision les agents étiologiques rencontrés en France. Nous décrivons ici les caractéristiques épidémiologiques et cliniques de 72 cas d’infections à Coronavirus 229E diagnostiquées sur une période couvrant janvier 2017 à décembre 2019.

Les prélèvements par écouvillonnage pharyngé et nasal ainsi que les prélèvements de liquide bronchoalvéolaire, réalisés entre janvier 2017 à décembre 2019 et testés par biologie moléculaire, ont été adressés au laboratoire de diagnostic pour recherche de virus respiratoires. Le diagnostic de 16 357 échantillons a été réalisé par PCR temps réel avec les trousses FTD Respiratory pathogens 21 (Fast Track Diagnosis, Luxembourg) ou Biofire Filmarray Respiratory panel 2 plus (Biomérieux, France).

Un total de 16 357 prélèvements respiratoires issus de 11 976 patients a été testé sur la période de janvier 2017 à décembre 2019. Parmi ceux-ci, on distingue 554 prélèvements positifs à Coronavirus pour 483 patients. L’identification des Coronavirus a permis de déterminer que 79 prélèvements étaient positifs à Coronavirus 229E issues de 72 patients soit 14,9 % (72/483). Parmi eux, 4 patients présentaient une co-infection avec un autre sous-type de Coronavirus : 2 avec les sous-types OC43 et 2 avec les sous-types NL63. Un des 72 patients est décédé en service de réanimation en novembre 2019 et nous avons détecté 5jours après son admission la présence de Coronavirus 229E dans son liquide bronchoalvéolaire. Il présentait un tableau clinique dégradé avec un syndrome de détresse respiratoire. Ce patient de 62 ans avait reçu une greffe bi-pulmonaire en janvier 2019 suite à une pneumopathie interstitielle non spécifique compliquée d’une hypertension artérielle pulmonaire. Il se trouvait en situation de rejet de greffe et a présenté aux cours de son hospitalisation des co-infections pulmonaires à Klebsiella pneumoniae BLSE et Mycoplasma pneumoniae.

Sur la période étudiée, nous avons pu détecter et classifier 554 prélèvements positifs à Coronavirus. Soixante-douze patients ont présenté le sous-type 229E, ce qui représente une proportion plus importantes qu’une étude réalisée chez les enfants (Vabret et al., 2008). Ce sous-type 229E a été in vitro associé à une mortalité des cellules dendritiques (Mesel-Lemoine et al., 2012).