La microchirurgie embryonnaire a été souvent utilisée dans l'éclosion assistée, le retrait de fragments, la biopsie embryonnaire à J3 et le transfert de cytoplasme avec pour objectifs d'améliorer le potentiel implantatoire de l'embryon.

L'éclosion assistée effectuée par contact laser a été surtout proposée dans les indications suivantes : chez les embryons à pronostic médiocre (fragmentation excessive, irrégularité des blastomères, ZP épaisse...), et chez des patientes d'âge avancé 38 ans. La performance de l'éclosion assistée reste un sujet à débattre car les résultats sont contradictoires. Le risque de l'éclosion assistée n'a pas démontrée une incidence élevée de jumeaux monozygotes, augmentation de morbi-mortalité néonatale...). Le risque du retrait de fragments embryonnaires vient par l'exposition de l'embryon au milieu extérieur, lésions des blastomères adjacents, ou diminution de l'expansion du blastocyste. La biopsie de l'embryon à J3, dans le cadre d'un DPI, présente les mêmes risques que le retrait de fragments à cela s'ajoute un risque génétique par l'obtention d'un embryon mosaïque et/ou chaotique si un seul blastomère a été biopsié. Quant au transfert de cytoplasme ou ooplasme d'un ovocyte donneur à un ovocyte receveur, il a été proposé pour améliorer la qualité cytoplasmique ovocytaire et donc assurer un développement embryonnaire normal chez des femmes jeunes ayant eu de nombreux échecs FIV antérieurs. Il a déjà été réalisé avec succès dans l'espèce humaine mais il suscite encore de nombreuses réserves d'ordre éthiques et médicales, compte tenu, principalement, de l'hétéroplasmie donneur/receveur qu'il induit et de risques potentiels de transgénèse.

Embryo microsurgery used to be practiced in assisted hatching, fragment removal, biopsy, or cytoplasm transfer.

Assisted hatching using laser contact was particularly proposed for embryos with a poor prognosis and for older women, with positive results. The procedure is not without immediate and/or more long-term risks (high incidence of monozygotic twins, increase in neonatal morbidity and mortality). The same is true for fragment removal by microsurgery: exposing the embryo to the exterior milieu, lesions to adjacent blastomeres, reduction in the expansion of the blastocyst. The same risks come with embryo biopsy for PGD on six- to eight-cell embryos, with, moreover, a genetic risk of obtaining a mosaic and/or chaotic embryo if a single blastomere is biopsied. As for cytoplasm or ooplasm transfer, proposed to restore the growth of oocytes or embryos with compromised development in young women after several IVF failures, the procedure has already been successfully carried out in the human species, but continues to arise many ethical and medical reservations, for the most part because of donor/receiver heteroplasmy that it induces and the potential risks of transgenesis.