Analyse du transcriptome 3? sur tissu en paraffine pour le pronostic des corticosurrénalomes - 30/09/20
, M. Sibony, Dr a, L. Jeanpierre a, A. Septier a, D. De Murat a, R. Armignacco, Dr a, K. Perlemoine a, B. Izac a, F. Letourneur, Dr a, B. Ragazzon, Dr a, K. Leroy, Pr b, S. Gaujoux, Pr a, B. Dousset, Pr a, L. Groussin, Pr a, R. Libe, Dr a, J. Bertherat, Pr a, G. Assie, Pr a
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Résumé |
Objectif |
Les corticosurrénalomes sont des cancers agressifs de pronostic hétérogène. Les marqueurs dérivés des signatures transcriptome « C1A » (stéroïde et prolifération) et « C1B » (immune) améliorent l’évaluation pronostique. Ils sont cependant peu utilisés en routine car non validés sur des tissus fixés, à cause de la dégradation de l’ARN induite par le traitement des échantillons pour l’inclusion en paraffine. L’objectif est de déterminer le transcriptome en utilisant un nouveau protocole de séquençage ARN sur paraffine.
Patients et méthodes |
Nous avons extrait l’ARN de tissus tumoraux congelés et fixés de 47 patients. Le transcriptome a été analysé par séquençage des extrémités 3′ de l’ARN (QuantSeq/Illumina) dans les échantillons fixés et inclus en paraffine. Une classification non supervisée des échantillons a été établie par clustering sur les gènes les plus variables et a été comparée au marqueur pronostique ARN précédemment validé sur les tissus congelés (expression BUB1B-PINK1 par RT-qPCR).
Résultats |
Le transcriptome 3′ identifie deux groupes : l’un (26 patients, 55 %) avec une signature « C1A » (prolifération) et l’autre avec une signature « C1B » (immune). Ces deux groupes sont fortement associés au marqueur BUB1B-PINK1 (Fisher p<10−5) et au pronostic, avec une survie sans récidive de 45 % et 95 % à 5 ans pour « C1A » et « C1B » respectivement (p<10−3).
Discussion |
Le protocole de séquençage 3′ identifie les profils transcriptome « C1A » et « C1B » et constitue une solution adaptée pour l’évaluation pronostique sur des tissus fixés et inclus en paraffine.
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Vol 81 - N° 4
P. 203 - septembre 2020 Retour au numéro
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