La réaction du greffon contre l’hôte (GVH) est une complication majeure de l’allogreffe de cellules souches hématopoïétiques, seule option curative de nombreuses hémopathies malignes. L’atteinte cutanée de la GVH chronique (cGVH) présente 2 formes : lichénoïde, définie par une signature Th1/Th17 et sclérotique, avec une signature Th1. Malgré ces différents sous-types cliniques, l’indication du traitement de 1^ère ligne par corticothérapie systémique se pose en fonction de la sévérité de l’atteinte cutanée. Nous avons réalisé un séquençage de l’ARN messager (mRNA-seq) des sous-types de lésions de cGVH : lichen plan (LP) et morphée (Mo). Une analyse bioinformatique approfondie des données est présentée dans ce travail.

Les biopsies cutanées ont été obtenues de 3 groupes de patients : témoins sains (n=5), LP (n=8) et Mo (n=5) de cGVH. Le mRNA-seq a été réalisé sur séquenceur Illumina HiSeq4000 selon la méthode paired-end générant des « reads » de 2×101 paires de bases avec une profondeur de 50 millions de « reads ». L’alignement des « reads » sur le génome de référence humain a été effectué par STAR et l’analyse d’expression différentielle de gènes par DESeq2 utilisant le test de Wald pour comparer (p-value) et celui de Benjamini pour estimer le p-ajusté. Seuls les gènes ayant un p-ajusté<5 % et un log2FoldChange ≥1 ou ≤−1 ont été retenus. L’analyse d’enrichissement de groupes de gènes a été faite avec GSEA (voie enrichie si NES ≥1,5 et FDR<0,05) et Ingenuity Pathway Analysis (IPA ; voie enrichie si p<5 % et -log10(p-value)>1,3 ; voie prédite activée si score z>0).

Ont été mis en évidence 2945 et 1652 gènes différentiellement exprimés (GDE) respectivement dans le LP et la Mo en comparaison à la peau saine avec une forte corrélation dans leurs expressions (Spearman p=0,736, p<0,001). 979 GDE étaient communs aux 2 sous-types de cGVH (dont CXCL9, CXCL10, CXCL11 induites par l’IFNγ). GSEA a identifié les voies de l’IFNγ et α parmi les groupes de gènes enrichis dans les 2 sous-types. IPA a identifié la voie de signalisation de l’IFN comme étant la plus importante voie canonique prédite activée soulignant l’importance de cette voie dans la signature transcriptomique commune du LP et de la Mo de cGVH. La comparaison LP vs Mo a révélé 208 GDE témoignant des transcriptomes proches, mais incontestablement différents. La voie de signalisation TREM1 mise en évidence par IPA semble jouer un rôle important dans la pathogenèse du LP. TREM1 (CD354), récepteur de surface exprimé par les cellules myéloïdes, est connu pour amplifier la réponse inflammatoire.

Cette 1^ère étude en mRNA-seq de cGVH cutanée suggère qu’un traitement adapté à la forme de cGVH est envisageable et que TREM1 pourrait être une nouvelle cible thérapeutique dans le LP de cGVH.