Analyse transcriptomique des fibroblastes dermiques associés aux lymphomes T cutanés : démonstration de leur rôle support - 26/11/20
Résumé |
Introduction |
Le microenvironnement tissulaire joue un rôle clé dans l’oncogenèse et favorise la croissance, l’invasion, les métastases et la résistance à la chimio-prévention des cellules tumorales. Notre objectif est de déterminer quelle est la contribution du microenvironnement cutané mésenchymateux dans les lésions tumorales des lymphomes T cutanés (LTC) en caractérisant plus particulièrement le profil d’expression génique des fibroblastes dermiques obtenus à partir de lésions cutanées.
Matériel et méthodes |
Un séquençage d’ARN (RNA-seq) a été effectué sur des cultures primaires de fibroblastes cultivés à partir de biopsies cutanées de 8 mycosis fongoïdes (MF), 6 syndrome de Sézary (SS) et 15 fibroblastes normaux (FN) provenant de plasties mammaires (âge apparié). Le RNA-seq a été réalisé en utilisant les réactifs Illumina TruSeq V3. La quantification du niveau d’expression et l’identification des gènes exprimés différentiellement (differential gene expression : DEG) dans les LTC par rapport aux témoins a été réalisée par DESeq2 (valeur de p ajustée padj<0,05). Les analyses fonctionnelles des DEG ont été menées pour définir leur signification biologique par “Gene Set Enrichment Analysis” (GSEA) et “Ingenuity Pathway Analysis” (IPA®).
Résultats |
1044 DEG ont été identifiés entre les fibroblastes associés aux LTC et les FN, avec 542 gènes sous-exprimés et 502 surexprimés (1345 gènes dans les fibroblastes MF vs FN), 457 gènes pour les SS et seulement 45 gènes entre SS vs MF. L’analyse GSEA de tous les fibroblastes associés aux CTCL a identifié l’enrichissement de 3 voies principales de signalisation : “IFNa réponse”, “IFNγ réponse”,“cibles MYC”. L’analyse du facteur de transcription IPA® a mis en évidence 25 réseaux moléculaires et plusieurs ensembles de gènes associés, dont « Inhibition des Métalloprotéases » ou « Signalisation d’extravasation des leucocytes ». Les principaux gènes d’intérêt ont été validés en qRT-PCR.
Discussion |
Les présentes données démontrent l’altération de l’expression des gènes dans les fibroblastes dermiques associés aux LTC, suggérant l’implication des cellules mésenchymateuses sur l’évolution des LTC.
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Mots clés : Fibroblaste, Lymphome cutané primitif, Lymphome cutané T
Plan
Vol 147 - N° 12S
P. A151 - décembre 2020 Retour au numéro
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