La spondyloarthrite (SpA) est un rhumatisme inflammatoire chronique d’étiologie inconnue dont la survenue résulte de l’interaction de facteurs de prédisposition environnementaux et génétiques. Malgré des avancées récentes, une large fraction de la prédisposition génétique à la SpA demeure inexpliquée. Plusieurs mécanismes ont été proposés pour expliquer cette part d’héritabilité manquante, tels que l’épigénétique, qui peut jouer un rôle à l’interface entre facteurs génétiques et environnementaux de susceptibilité. L’épigénétique se réfère aux variations de l’expression génique qui n’impliquent aucun changement de la séquence d’ADN. Les mécanismes épigénétiques comprennent principalement la méthylation de l’ADN, les modifications des histones et les ARN non codants. La perturbation de l’un de ces systèmes peut conduire à une altération de l’expression génique susceptible de favoriser le développement de la maladie. Grâce aux récents progrès technologiques, on observe un intérêt croissant pour le domaine de l’épigénétique dans le contexte des maladies complexes comme la SpA. Cependant, les études épigénétiques sont confrontées à des obstacles méthodologiques qui limitent l’interprétation de leurs résultats : petite taille des échantillons, absence de confirmation des résultats, choix inapproprié des témoins, choix inadéquat du type cellulaire/tissulaire. Dans le futur, l’association de l’épigénétique aux autres données « -omiques » permettra de mieux comprendre la pathogénie de la SpA. Ces problématiques doivent être résolues avant d’envisager l’utilisation des marques épigénétiques en routine clinique, en tant que biomarqueurs ou cibles médicamenteuses.