La PCR SARS-CoV-2 est un élément majeur du diagnostic de COVID-19, toutefois sa sensibilité est variable et l’interprétation d’un résultat négatif peut s’avérer difficile selon le contexte. Le but de ce travail était de déterminer les caractéristiques cliniques, biologiques et/ou radiologiques particulières des patients avec un diagnostic final de COVID-19, mais « faux négatifs » sur leur première PCR, en comparaison des patients avec première PCR positive, et d’évaluer leur pronostic.

Dans cette étude rétrospective, multicentrique, cas-contrôle, des patients COVID-19 avec première PCR négative (PCR−) ont été matchés avec des patients PCR+ sur l’âge, le sexe, le centre et le lieu de prise en charge initiale (salle ou soins intensifs/réanimation). Les données démographiques, cliniques, biologiques et radiologiques de chaque patient ont été collectées, ainsi que les traitements et le statut à la sortie.

Entre le 30/03/2020 et le 22/06/2020, 80 cas PCR− et 80 contrôles PCR+ ont été inclus. Il s’agissait majoritairement d’hommes (66%), l’âge moyen était de 64,1±16,8 ans. La PCR avait été réalisée au bout de 6 [2,5–10,5] jours après le début des symptômes pour les cas et 5 [1–9] jours pour les contrôles (p=0,27). Le taux de décès intra-hospitalier et la durée d’hospitalisation n’étaient pas différents entre les 2 groupes (p=0,79 et p=0,53), ni le recours à des traitements médicamenteux et à la ventilation mécanique (p=0,26 et p=0,18). En analyse multivariée, la présence de fatigue/malaise (rapport de cotes ajusté Rc : 0,16 [0,03–0,81] ; p=0,027) et de céphalées (Rc : 0,07 [0,01–0,49] ; p=0,007) étaient associées à un plus faible risque de faux négatif, alors qu’une concentration plaquettaire>207×10³.mm⁻³ (Rc : 3,81 [1,10–13,16] ; p=0,034) et une CRP>79,8mg.L⁻¹ (Rc : 4,00 [1,21–13,19] ; p=0,023) étaient associées à un risque plus important de faux négatif. Seuls 11 patients parmi les 80 cas ont eu une PCR ultérieure positive, le diagnostic final de COVID-19 pouvant également avoir été posé grâce au scanner thoracique (n=71), à un contage intra-familial (n=13), à un retour de séjour en zone de cluster (n=2) et/ou à une sérologie (n=2).

Les patients suspects de COVID-19 avec des stigmates biologiques d’inflammation sont plus à risque de faux négatif sur la PCR. Une stratégie visant à documenter la COVID-19 par plusieurs PCR successives en cas de première PCR négative devrait être évaluée avant d’être adoptée par les cliniciens.