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Identification environnementale d’agents pathogènes : Retex COVID-19 et perspectives - 07/04/21

Environmental identification of pathogens: COVID-19 field experience and perspectives

Doi : 10.1016/j.pxur.2021.03.010 
Sébastien Beaume a,  : médecin en chef, adjoint scientifique et technique au commandant du 10e centre médical des armées, Nicolas Cazes b : médecin principal, médecin-adjoint du Bataillon de marins-pompiers de Marseille, Frank Peduzzi b : médecin chef des services, médecin-chef du Bataillon de marins-pompiers de Marseille, Patrick Augier b : Contre-Amiral, commandant le Bataillon de marins-pompiers de Marseille
a 10e centre médical des armées, Caserne Audéoud, 111, avenue de la Corse, BP 40026, 13568 Marseille cedex 02, France 
b Bataillon de marins-pompiers de Marseille, 9, boulevard de Strasbourg, 13233 Marseille cedex 20, France 

Auteurs correspondants. 10e centre médical des armées, Caserne Audéoud, 111, avenue de la Corse, BP 40026, 13568 Marseille cedex 02, France.10e centre médical des armées, Caserne Audéoud111, avenue de la CorseBP 40026Marseille cedex 0213568France

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Sous presse. Épreuves corrigées par l'auteur. Disponible en ligne depuis le Wednesday 07 April 2021

Résumé

Contrairement à la plupart des agents chimiques qui manifestent leurs effets sur l’organisme quelques heures après l’exposition, les agents pathogènes se caractérisent par une période d’incubation avant leur expression clinique conduisant à un retard à l’identification d’un phénomène infectieux collectif. Par ailleurs si dans le domaine chimique et radiologique il existe de nombreux appareils de détection pouvant être mis en œuvre sur le terrain, les capacités sont beaucoup plus réduites dans le domaine biologique. Cette nécessité de disposer d’une capacité d’analyse environnementale d’agents pathogènes a été identifiée précocement par le Bataillon de marins-pompiers de Marseille (BMPM) et l’émergence de la crise sanitaire liée à la COVID-19 a permis le développement de procédés innovants ouvrant à terme de nouvelles perspectives. S’appuyant sur l’expertise en prélèvements des personnels armant le VDIP (véhicule détection identification prélèvements) le BMPM s’est associé à un laboratoire de biotechnologies en capacité d’analyser par RT-PCR les échantillons fournis à la recherche de présence d’ARN de SARS-CoV-2. L’objectif initial était d’avoir une cartographie de la présence virale dans les emprises du BMPM et de s’assurer de l’efficience des procédures de bionettoyage. Une fois les techniques fiabilisées et les seuils de détection affinés cette capacité opérationnelle a été proposée à la ville de Marseille, aux Armées et acteurs institutionnels. Fort de cette technicité et de cette expérience le BMPM a acquis des PCR pouvant être embarquées à bord du VDIP. Cette capacité ouvre des perspectives intéressantes dans le cadre du spectre des menaces biologiques. En effet, à condition de disposer des amorces spécifiques des agents de la menace biologique, il sera ainsi possible suite à une revendication ou une découverte suspecte de pouvoir répondre rapidement sur la présence ou pas des agents de la menace directement sur site.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Summary

Unlike pathogens defined by an incubation period preceding their clinical expression, biological warfare agents affect the body within hours of exposure. This may delay the identification of a collective infectious phenomenon. Many detection devices can be used in chemical and radiological hazards, but few options exist in biological hazard. The need for skills to analyse pathogens in the environment was early identified by the BMPM (Marseille navy fire battalion); and the Covid-19 health crisis enabled innovative processes and opened up new perspectives. Thanks to the expertise of ‘VDIP’ (vehicle for detection, identification and sampling) technicians, the BMPM collaborated with a biotechnology lab to analyse by RT-PCR the provided samples for SARS-CoV-2 RNA. The main goals were to map the virus’ presence in the BMPM grounds and to ensure the bio cleaning procedures efficiency. Once the techniques were considered as reliable, and once the detection limits were assessed, this operational capability was proposed to the city of Marseille, to the French Army and to institutional stake holders. With these skills and experience, the BMPM acquired on-board PCR devices in the VDIP. This skill opens up interesting perspectives in the biological hazard field. Indeed, with a specific biological threat PCR primer, it will thus be possible to quickly assess the presence of on-site biological warfare agents in case of any suspicious activity.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Mots clés : SARS-CoV-2, Prélèvements, RT-PCR, Surveillance environnementale, Arme biologique

Keywords : SARS-CoV-2, Sampling, RT-PCR, Environmental monitoring, Biological warfare agents


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