L’infection à SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) est responsable d’une symptomatologie polymorphe avec l’atteinte pulmonaire comme principale cause de décès. La physiopathologie de cette infection virale est de plus en plus décrite et des facteurs pronostiques sont identifiés. Plusieurs études ont souligné le rôle crucial de la réponse interféron (IFN) dans la clairance virale. Cette réponse, altérée dans les formes sévères et critiques de COVID-19, est associée à une production excessive de cytokines pro-inflammatoires. La lymphopénie est également associée aux formes graves, les patients immunodéprimés sont à risque de forme sévère. L’Epstein-Barr virus (EBV) et le Torque-Teno Virus (TTV) sont associés à des états d’immunodépression. Quelques cas cliniques rapportent leurs réplications au cours de l’infection à SARS-CoV-2, notamment chez les patients en réanimation. Ainsi, il a été suspecté que la réplication de l’EBV et du TTV pouvait être le témoin d’une immunodépression sous-jacente et constituait un facteur pronostique au cours de l’infection à SARS-CoV-2. S’est aussi posée la question de formes particulières de la maladie chez ces patients.

L’étude porte sur l’ensemble des patients atteints de COVID-19 hospitalisés en service de médecine interne dans un centre hospitalo-universitaire. Les critères d’inclusion comprenaient une PCR SARS-CoV-2 positive et la réalisation d’une PCR EBV sur sang total au cours du séjour. 130 patients ont été inclus consécutivement. 25 patients ont eu une PCR TTV sur sang total. L’ensemble des données cliniques, biologiques et radiologiques ont été collectées. Les données biologiques l’ont été au moment de la PCR EBV sauf pour la valeur maximale de la CRP, le nadir des lymphocytes et leur typage.

La cohorte était composée de 61,53 % d’hommes avec un âge moyen de 63,31 ans. Un total de 38,46 % des patients avaient séjourné en réanimation avec un délai moyen de 2,59jours. Neuf décès étaient dénombrés. 64,62 % des patients avaient été traités par déxaméthasone, 67,69 % par antibiotiques avec 19,23 % de surinfections documentées. 57,69 % des patients avaient une virémie positive pour l’EBV dont 50,67 % présentaient une charge virale (CV) supérieure à 1000UI/ml. L’atteinte pulmonaire scannographique était plus importante chez les patients EBV+ que chez les EBV- (p-value<0,05). 42,67 % des patients EBV+ avaient séjourné en réanimation ou en USC contre 32,73 % des EBV- (p-value=0,28) avec une durée de séjour plus longue (2,96 vs 2,09jours, p-value=0,28). Les patients EBV+ avec une CV>1000UI/ml avaient reçu de façon significative plus de déxaméthasone que les patients avec une CV<1000UI/ml (78,95 % vs 48,65 %, p-value<0,01). Le nadir des lymphocytes chez les patients EBV+ était inférieur à celui des patients EBV- (0,79G/L vs 0,93G/L, p-value=0,051) avec un ratio CD4/CD8 abaissé (2,20 vs 2,85, p-value=0,37). Les enzymes hépatiques étaient plus élevées chez les patients EBV+ (p<0,05), aucune différence n’existait pour les D-Dimères, le fibrinogène ou la CRP. 44,00 % des patients avaient une CV>1000UI/ml pour le TTV, avec une tendance à des formes plus graves (45,45 % de patients hospitalisés en USC ou réanimation vs 28,57 % chez les patients avec une CV<1000UI/ml, p-value=0,43) et une durée de séjour plus longue (2,27 vs 1,21jours, p-value=0,35).

Cette étude sur la réplication de l’EBV et du TTV chez les patients COVID-19 est la plus importante à ce jour. Malgré une hétérogénéité dans la date des prélèvements par rapport au début des symptômes, les patients avec une virémie détectable pour l’EBV présentaient des atteintes pulmonaires plus graves et une lymphopénie plus profonde. Ceci est corroboré par des séries de cas où la prévalence de l’EBV en réanimation était plus importante que celle décrite ici. La CV de l’EBV était aussi associée à des durées de séjour en réanimation plus longues. Le recours à la déxaméthasone plus fréquent chez les patients avec une CV de l’EBV>1000UI/ml suggère une oxygénoréquérance plus grande. La CV de l’EBV pourrait donc constituer un marqueur d’immunodépression sous-jacente et représenter un facteur de mauvais pronostique au cours de l’infection à SARS-CoV-2, avec parfois des tableaux proches de syndromes d’activation lymphohistiocytaire. L’impact de la réplication du TTV est difficile à préciser en raison de l’effectif limité. L’effet de telles co-infections sur la réponse IFN serait intéressant à caractériser compte tenu de la valeur pronostique de celle-ci.

Ces données suggèrent que les co-infections virales lors d’une infection à SARS-CoV-2 pourraient refléter un état d’immunodépression sous-jacent et être associées à un mauvais pronostique.