La presencia de un número anormalmente alto de ciertas bacterias en el intestino delgado puede asociarse a síntomas digestivos y posiblemente extradigestivos, situación denominada sobrecrecimiento bacteriano en el intestino delgado (SBID). Aunque se ha descrito en un número escaso de pacientes con estasis intestinal (sobre todo debido a montajes quirúrgicos o a trastornos motores graves del intestino), esta situación también podría explicar algunos de los síntomas del intestino irritable o de la «niebla cerebral» y esto es objeto de debate entre los especialistas. El diagnóstico de esta disbiosis es difícil de demostrar porque las pruebas directas en muestras de líquido intestinal son difíciles y las pruebas indirectas (especialmente las pruebas de glucosa y lactulosa en el aliento) tienen una sensibilidad y especificidad imperfectas. Cuando la causa no es curable, los antibióticos son casi los únicos tratamientos validados, pero con un bajo nivel de evidencia. En los casos difíciles, es útil el asesoramiento de un especialista en lugar de prescribir tratamientos ecológicos empíricos a largo plazo.