Maladie endémique, du grec « endêmon nosêma », signifie maladie « fixée dans un pays ». Il s'agit de maladies infectieuses, enracinées par leurs réservoirs d'agents potentiellement pathogènes. Des facteurs géoclimatiques et environnementaux, le sous-développement et la précarité, des facteurs socioculturels, des comportements humains expliquent cet enracinement. Le concept de grandes endémies (GE) est né en Afrique subsaharienne. Dans les maladies transmises par des vecteurs (paludisme, fièvre jaune), les facteurs géoclimatiques sont prépondérants pour permettre l'enracinement en zone intertropicale. Certaines GE sont surtout liées au sous-développement et/ou aux comportements humains, comme par exemple les infections par le virus de l'immunodéficience humaine, la maladie à virus Ebola, la tuberculose, l'ulcère de Buruli, le choléra, les tréponématoses endémiques, la méningite à méningocoques. L'enracinement des endémies est en général multifactoriel. Certaines de ces endémies peuvent donner des épidémies (paludisme, méningites à méningocoques, maladie à virus Ebola et autres fièvres hémorragiques). Dans certaines situations, des épidémies surviennent pour des maladies cosmopolites non endémiques en Afrique (la Covid-19 et la grippe, par exemple). La mise en œuvre de la lutte contre les GE présuppose une vulnérabilité suffisante et une volonté politique des États. Les objectifs sont le contrôle, l'élimination ou l'éradication. Faire régresser les GE actuelles à un niveau suffisamment bas pour qu'elles ne représentent plus un problème de santé publique devrait être l'objectif principal pour les 2 prochaines décennies.