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Intérêt de l’outil web bc-GenExMiner en oncologie - 09/11/21

Interest of the bc-GenExMiner web tool in oncology

Doi : 10.1016/j.bulcan.2021.05.008 
Pascal Jézéquel 1, 2, 3, , Wilfried Gouraud 1, 3, Fadoua Ben Azzouz 1, 3, Agnès Basseville 1, Philippe P. Juin 2, 3, Hamza Lasla 1, 3, Mario Campone 2, 3, 4
1 Institut de cancérologie de l’Ouest, unité de bioinfomique, boulevard Jacques-Monod, 44805 Saint-Herblain cedex, France 
2 Université de Nantes, université d’Angers, institut de recherche en santé-Université de Nantes, CRCINA, UMR 1232 Inserm, 8, quai Moncousu – BP 70721, 44007 Nantes cedex 1, France 
3 SIRIC ILIAD, Nantes, Angers, France 
4 Institut de cancérologie de l’Ouest – René-Gauducheau, oncologie médicale, boulevard Jacques-Monod, 44805 Saint-Herblain cedex, France 

Pascal Jézéquel, Institut de cancérologie de l’Ouest – René-Gauducheau, oncologie médicale, boulevard Jacques-Monod, 44805 Saint-Herblain cedex, France.Institut de cancérologie de l’Ouest – René-Gauducheau, oncologie médicaleboulevard Jacques-MonodSaint-Herblain cedex44805France

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Résumé

Nous profitons de l’occasion de la mise en ligne de la dernière version (v.4.6) de l’outil web breast cancer gene-expression miner (bc-GenExMiner) pour rappeler sa place dans le paysage de la recherche en oncologie et réaliser un bilan d’activité, dix ans après sa création (bcgenex.ico.unicancer.fr/). bc-GenExMiner est un outil web de fouille statistique de données d’expressions géniques issues du criblage du transcriptome de tumeurs du sein annotées par une vingtaine de critères clinicopathologiques et moléculaires. Sa base de données inclut plus de 16 000 patientes issues de 64 cohortes, dont les cohortes METABRIC, SCAN-B et TCGA, pour lesquelles l’expression de plusieurs milliers de gènes a été mesurée par des puces à ADN ou par RNAseq. Il est composé de trois modules : « Corrélation », « Expression » et « Pronostic », qui permettent différentes sortes d’analyses. bc-GenExMiner offre aux chercheurs des possibilités de validation, d’exploration, de hiérarchisation d’hypothèses et de découverte concernant leurs gènes d’intérêt. Il permet de s’autonomiser par rapport à l’analyse de grandes bases de données, la production de figures, d’obtenir des résultats robustes et ainsi de gagner du temps pour la découverte de biomarqueurs. Dix ans après sa mise en ligne, à en juger par le nombre de visites, d’analyses et de citations de bc-GenExMiner dans des articles scientifiques, nous pouvons conclure que cet outil web sert la communauté scientifique internationale engagée dans la recherche sur le cancer du sein, et qu’il est de plus en plus utilisé.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Summary

We are taking advantage of the launch of the latest version (v4.6) of our web-based data mining tool “breast cancer gene-expression miner” (bc-GenExMiner) to take stock of its position within the oncology research landscape and to present an activity report ten years after its establishment (bcgenex.ico.unicancer.fr/). bc-GenExMiner is an open-access, user-friendly tool for statistical mining on breast tumor transcriptomes, annotated with more than 20 clinicopathologic and molecular characteristics. The database comprises more than 16,000 patients from 64 cohorts – including TCGA, METABRIC and SCAN-B – for whom several thousands of genes have been quantified by microarrays or RNA-seq. Correlation, expression and prognostic analyses are available for targeted, exhaustive or customized explorations of queried genes. bc-GenExMiner facilitates the validation, investigation, and prioritization of discoveries and hypotheses on genes of interest. It allows users to analyse large databases, create data visualizations, and obtain robust statistical analysis, thereby accelerating biomarker discovery. Ten years after its launch, judging by the number of visits, analyses, and scientific citations of bc-GenExMiner, we conclude that this web resource serves its purpose in the international scientific community working in breast cancer research, with a never-ending rise in its use.

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Mots clés : Cancer du sein, Expression génique, Outil web, Transcriptomique

Keywords : Breast cancer, Gene expression, Web-based tool, Transcriptomics


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Vol 108 - N° 11

P. 1057-1064 - novembre 2021 Retour au numéro
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  • Christelle de la Fouchardière, Johanna Wassermann, Fabien Calcagno, Stéphane Bardet, Abir Al Ghuzlan, Isabelle Borget, Françoise Borson Chazot, Christine Do Cao, Camille Buffet, Slimane Zerdoud, Myriam Decaussin-Petrucci, Yann Godbert, Sophie Leboulleux

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