L’avènement des technologies de séquençage à ultrahaut débit a permis la lecture d’un nouveau microcosme : le microbiote bucco-intestinal. Ces deux dernières décennies révèlent peu à peu les mécanismes par lesquels cette écologie microbienne très diversifiée contrôle notamment le métabolisme énergétique de la naissance jusqu’à la mort de l’individu. Cette symbiose est donc bénéfique pour l’organisme. Cependant, les facteurs environnementaux, les changements de mode de vie et autres, génèrent une dysbiose de ce microbiote qui dégradent les fonctions microbiennes responsables du contrôle énergétique de l’hôte. Cette dysbiose génère également des parodontites qui sont des facteurs dégradant le métabolisme énergétique. Il y a plus de 10 ans, nous découvrions le rôle des lipopolysaccharides (LPS) dans l’inflammation métabolique, la stéatite multi-organique, l’insulino-résistance, l’obésité, la parodontite et le diabète de type 2. D’autre part, le métabolisme par les bactéries bucco-intestinales des acides aminés aromatiques ou branchés, des acides biliaires, des fibres alimentaires et du mucus, produit des molécules bioactives spécifiques qui contrôlent de nombreuses fonctions de l’hôte, notamment liées au métabolisme énergétique, à la prolifération cellulaire, ou encore à l’inflammation. Ces molécules peuvent agir directement sur la sphère bucco-intestinale ainsi que sur de nombreux tissus. Cet effet distanciel est lié à la translocation de bactéries vers les tissus qui établissent un microbiote tissulaire. Ce dernier peut aussi être dysbiotique et générer de l’inflammation, ou être eubiotique et ainsi protecteur. Ces molécules et bactéries représentent des cibles pharmacologiques nouvelles qui seront le support de très prochaines stratégies. Les maladies métaboliques et cardiovasculaires pourront être traitées harmonieusement en ciblant directement le système bucco-intestinal, c’est à dire très haut dans la cascade des mécanismes qui régissent le contrôle énergétique.

The advent of ultra-high debit sequencing techniques has enabled the discovery and the description of a new ‘microcosm’, the intestinal and buccal microbiota. During the last two decades the mechanisms through which this highly diverse microbial ecosystem controls the energy metabolism of an individual, from birth to death, have emerged. This symbiosis is thus of great benefit to the host. However, environmental factors, changes in lifestyle and other influences generate a dysbiosis in this microbiota which alters the microbial functions responsible for the control of host's energetic metabolism. The role of one of these microbial effectors, lipopolysaccharides (LPS), was established more than a decade ago, in inflammation, multi-organic steatite, insulin resistance, obesity, periodontitis and type 2 diabetes. Moreover, metabolism by the bucco-intestinal microorganisms of aromatic or branched amino-acids, of biliary acids, of alimentary fiber, and of mucus produces the specific bioactive molecules which control numerous host functions, particularly those linked to energy metabolism, cellular proliferation and inflammation. These molecules can act directly on the bucco-intestinal ecosystem, as well as on other tissues. These remote effects are linked to a translocation of bacteria to tissues where a tissue microbiota is established. This new microbiota can, on the one hand, become dysbiotic and generate inflammation or, on the other hand, it can be eubiotic and thus be protective. The microbiota and their metabolites thus represent novel pharmaceutical targets to develop first-in-class drugs in the near future. Metabolic and cardiovascular pathologies could be treated by targeting the bucco-intestinal ecosystem, which represents an early stage in the cascade of mechanisms regulating energy metabolism.