Nous avons récemment mis en évidence que les cellules épithéliales bronchiques (CEB) étaient capables de mémoriser une première stimulation et de réagir de manière exacerbée ou diminuée, lors d’un second contact avec un pathogène. Ce phénomène, appelé mémoire immunitaire innée, repose sur la reprogrammation épigénétique. L’objectif de la présente étude était d’analyser l’impact du remodelage de la chromatine induit par une première stimulation, sur les modifications transcriptionnelles pour identifier des gènes impliqués dans la mémoire immunitaire des CEB.

Les CEB (lignée BEAS-2B) ont été pré-exposées pendant 48heures à 5μg/mL de flagelline de P. aeruginosa, lavées puis laissées au repos pendant 4jours. L’ADN et l’ARN ont été extraits à J0, J2 et J6 post-stimulation afin d’analyser les régions de la chromatine accessibles à la transcription (Assay for Transposase-Accessible Chromatin sequencing, ATAC-seq) et l’expression des ARN messagers (microarray).

L’exposition des CEB à la flagelline induit, à J2 et à J6, l’expression d’ensembles de gènes impliqués dans les processus inflammatoires et module l’accessibilité de 608 loci. L’analyse croisée des données du microarray et de l’ATAC-seq montrent que l’expression de gènes impliqués dans la réponse inflammatoire, tels que KCNK6 (canal potassique) et SLK (Tyrosine protéine kinase), est corrélée à la présence de loci différentiellement accessibles.

L’analyse du remodelage de la chromatine et du transcriptome nous a permis de décrire l’impact d’une exposition des CEB à un composant bactérien sur l’accessibilité de certaines régions d’ADN à la transcription et sur l’expression des transcrits. Le rôle de facteurs de transcription sur ces modulations est en cours d’analyse.