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409 - Analyses descriptive et phylogénétique des cas dus au variant Lambda du SRAS-CoV-2, Québec - 02/08/22

Doi : 10.1016/j.respe.2022.06.092 
R. Dion , S. Moreira, I. Bernaquez, É. Fournier, I. Levade
 Institut national de santé publique du Québec, Laboratoire de santé publique du Québec, Sainte-Anne-de-Bellevue, Canada 

Auteur correspondant

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Résumé

Contexte

Le variant Lambda (lignée C.37) du SRAS-CoV-2 apparut transitoirement au Québec au printemps 2021. Une analyse descriptive des cas, des éclosions de la COVID-19 et des liens entre eux, couplée au séquençage du génome entier et à l'analyse phylogénétique de souches du virus fut réalisée.

Méthodes

Les enregistrements des souches-cas de lignée C.37 furent extraits des bases de données du Laboratoire de santé publique du Québec, des enquêtes de cas et des éclosions. Les cas sans résultat de lignée mais liés à ceux de lignée C.37 par des identifiants furent inclus et les liens avec les éclosions furent recherchés. L'analyse descriptive, dont celle des réseaux sociaux, fut réalisée avec Epi Info 7 et CmapTools. L'analyse phylogénique des souches-cas dont la qualité des séquences était suffisante fut effectuée avec Nextstrain.

Résultats

Quarante-six cas, dont 27 de lignée C.37 (dont sept sporadiques), dans six régions sociosanitaires, sont survenus du 11 mars au 5 mai 2021; 11 ont été hospitalisés, dont six aux soins intensifs, et aucun n'est décédé. Leur ratio M:F était de 0,88 et leur âge variait de 5 à 61 ans (médiane: 51). Environ 39 % des cas étaient liés entre eux et 50 % à des éclosions (six événements, dont quatre en milieux de travail et deux en ressources intermédiaires, de deux à 22 cas). Deux groupes de types de séquences (ST), A (Aa à Al), comptant 24 souches-cas apparentés par une différence de ≤8 mutations, et B (Ba) furent retrouvés; ce dernier, apparemment sporadique, importé (Amérique du Sud) et survenu à la mi-avril, partage avec les ST A un ancêtre hypothétique commun de la mi-février 2021. Des ST indiscernables ou fortement apparentés étaient liés à certaines éclosions.

Discussion/Conclusion

L'analyse phylogénétique appuie les liens entre les cas survenus pendant cette période, dont ceux apparemment sporadiques, qui pourraient être liés indirectement.

Déclaration de liens d'intérêts

Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d'intérêts.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

© 2022  Publié par Elsevier Masson SAS.
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