Les anomalies chromosomiques sont l’une des causes les plus fréquentes des pathologies du développement et de la reproduction. Leur détection en routine diagnostique repose encore sur des techniques de cytogénétique alors qu’elles présentent des limites majeures (caryotype et Analyse Chromosomique sur Puce à ADN). Le séquençage du génome à lectures courtes (srWGS), de plus en plus utilisé en diagnostic pour détecter les variations de séquence nucléotidiques, est capable de détecter les remaniements chromosomiques [1Schluth-Bolard C., et al. Whole genome paired-end sequencing elucidates functional and phenotypic consequences of balanced chromosomal rearrangement in patients with developmental disorders J Med Genet 2019 ;  56 (8) : 526-535 [cross-ref]

Cliquez ici pour aller à la section Références] mais avec un taux d’échec allant jusqu’à 10 % [1Schluth-Bolard C., et al. Whole genome paired-end sequencing elucidates functional and phenotypic consequences of balanced chromosomal rearrangement in patients with developmental disorders J Med Genet 2019 ;  56 (8) : 526-535 [cross-ref]

Cliquez ici pour aller à la section Références, 2Mahmoud M., Gobet N., et al. Structural variant calling: the long and the short of it Genome Biol 2019 ;  20 (1) : 246

Cliquez ici pour aller à la section Références]. Le développement récent de la cartographie optique du génome (OGM) par la technologie Bionano ouvre de nouvelles perspectives en matière d’étude des réarrangements chromosomiques.

Nous avons mené la première étude de validation de l’OGM sur une cohorte de 85 patients présentant des anomalies chromosomiques équilibrées ou déséquilibrées dans le cadre de pathologies du développement, en pré- et postnatal, et de la reproduction. Nous les avons toutes identifiées, ce qui prouve le potentiel de la technologie [3Mantere T., Neveling K., et al. Optical genome mapping enables constitutional chromosomal aberration detection Am J Hum Genet 2021 ;  108 (8) : 1409-1422 [cross-ref]

Cliquez ici pour aller à la section Références]. Dans une deuxième étude, nous avons caractérisé des translocations apparemment équilibrées chez 11 hommes présentant une infertilité. Nous montrons l’intérêt de l’OGM pour affiner les corrélations génotype–phénotype et identifier de nouveaux gènes candidats (publication en cours). Enfin, dans une troisième étude nous avons comparé la détection et la caractérisation de variations de structure apparemment équilibrées entre l’OGM et le srWGS en analysant les échantillons de 15 patients présentant des pathologies du développement/déficience intellectuelle. Nos résultats soulignent la complémentarité entre les deux technologies et l’avantage de l’OGM dans des régions difficiles d’accès par séquençage (publication en cours).

Nous présenterons ces trois études démontrant que la cartographie optique du génome pourrait compléter les investigations pangénomiques actuelles voire se substituer à certaines techniques cytogénétiques.