Le SARS-CoV-2, responsable de la pandémie durant depuis près de 2 ans et demi, a été largement étudié mais l’évolution constante du virus et des moyens de le combattre révèlent en permanence de nouvelles données et aspects à explorer.

La reprise de la circulation virale observée depuis mars 2022 – appelée « sixième vague » – parallèlement à la levée des principales mesures sanitaires et au remplacement progressif du sous-lignage Omicron BA.1 par BA.2, est en cours de décrue. Parmi les sous-lignages de BA.2, le BA.2.11 porteur de la mutation L452R (comme les sous-lignages BA.4 et BA.5 initialement identifiés en Afrique du Sud) circule faiblement en France et ne progresse pas. L’impact et la progression de BA.4 et BA.5 sont à suivre dans la population française où, contrairement à l’Afrique du Sud, BA.2 (génétiquement plus proche que BA.1) a largement circulé.

Le SARS-CoV-2 est l’un des nombreux Coronavirus infectant l’homme et provenant initialement d’un réservoir animal. Le virus animal « parent » n’est pas encore identifié même si des virus de chauve-souris sont très proches du SARS-CoV-2 notamment au niveau de la séquence de la protéine Spike. Le SARS-CoV-2, pourtant a priori assez stable du fait de la présence d’un mécanisme de relecture-correction, a pourtant généré plusieurs variants portant de nombreuses mutations, possiblement apparus au cours d’infections chroniques chez l’immunodéprimé ou par passage à l’animal. Ces mutations accroissent l’infectiosité virale ou bien permettent l’échappement à la réponse immunitaire humorale.

Suite à l’infection par le SARS-CoV-2, les sujets développent principalement des anticorps contre les proténes Spike et nucléocapside. Les anticorps anti-nucléocapside chutent plus rapidement et témoignent donc d’une infection récente (hors contexte de vaccination avec virus entier inactivé). Les taux d’anticorps anti-Spike corrèlent avec le pouvoir neutralisant mais celui-ci fluctue en fonction des variants considérés et la nature de l’immunisation (infection et/ou vaccination), rendant difficile d’établir un corrélat de protection individuel. Cependant, la réponse cellulaire anti-SARS-CoV-2 est dirigée contre des épitopes conservés et reste efficace contre l’ensemble des variants, protégeant durablement contre les formes sévères de COVID-19.