Invasive pneumococcal infections in France: Changes from 2009 to 2021 in antibiotic resistance and serotype distribution of Streptococcus pneumoniae based on data from the French Regional Pneumococcal Observatories network - 02/12/22

Doi : 10.1016/j.idnow.2022.11.001

C. Plainvert ^a, E. Varon ^b, D. Viriot ^c, M. Kempf ^d,^e,^⁎
on behalf of
the French Regional Pneumococcal Observatories (ORP) network
C. Plainvert ^aa, C. Alauzet ^ab, G. Auger ^ac, J. Batah ^ad, N. Brieu ^ae, V. Cattoir ^ac, J. Cremniter ^af, C. Culeux ^ad, J.W. Decousser ^ag, A. El Mniai ^ad, C. Goulard de Curraize ^ah, A. Gravet ^ai, C. Grelaud ^aj,^ak, F. Hamdad ^al, C. Isnard ^am, A. Labrunie ^aj, P. Lanotte ^an, C. Laurens ^ao, S. Luce ^aj, N. Lemaitre ^al, I. Patry ^ap, I. Pelloux ^aq, O. Peuchant ^ar, M.C. Ploy ^aj,^ak, H. Revillet ^as, F. Robin ^at, R. Ruimy ^au, V. Vernet-Garnier ^av, F. Wallet ^aw, D. Lévy-Bruhl ^ax, K. Danis ^ax, D. Viriot ^ax, E. Varon ^ad, M. Kempf ^ay,^az
^aa Observatoire Régional du Pneumocoque Île-de-France Ouest, Assistance Publique – Hôpitaux de Paris, Hôpitaux Universitaires Paris Centre, Hôpital Cochin, Service de Bactériologie, Paris, France
^ab Observatoire Régional du Pneumocoque Lorraine, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy, Hôpital de Brabois, Service de bactériologie, Vandoeuvre les Nancy, France
^ac Observatoire Régional du Pneumocoque Bretagne, Centre Hospitalier Universitaire de Rennes, Service de Bactériologie-Hygiène hospitalière, Rennes, France
^ad Centre National de Référence des Pneumocoques (CNRP), Centre de Recherche Clinique et Biologique, Centre Hospitalier Intercommunal de Créteil, Créteil, France
^ae Observatoire Régional du Pneumocoque Provence, Centre Hospitalier du Pays d'Aix, Laboratoire de Diagnostic Biologique des Maladies Infectieuses et d'Hygiène, Aix-en-Provence, France
^af Observatoire Régional du Pneumocoque Poitou-Charentes, Centre Hospitalier Universitaire de Poitiers, Département des Agents Infectieux, Laboratoire de Bactériologie, Poitiers, France
^ag Observatoire Régional du Pneumocoque Île-de-France Est, Assistance Publique – Hôpitaux de Paris, Hôpitaux Universitaires Henri Mondor, Département de prévention, diagnostic et traitement des infections, Créteil, France
^ah Observatoire Régional du Pneumocoque Bourgogne, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon, Département de Biologie, Dijon, France
^ai Observatoire Régional du Pneumocoque Alsace, Groupement Hospitalier Régional de Mulhouse et Sud-Alsace, Laboratoire de Microbiologie, Mulhouse, France
^aj Observatoire Régional du Pneumocoque Limousin, Centre Hospitalier Universitaire de Limoges, Centre d’Epidémiologie, de Biostatistique et de Méthodologie de la Recherche, Limoges, France
^ak Observatoire Régional du Pneumocoque Limousin, Centre Hospitalier Universitaire de Limoges, Service de Bactériologie, Limoges, France
^al Observatoire Régional du Pneumocoque Picardie, Centre Hospitalier Universitaire d’Amiens, Service de Bactériologie, Amiens, France
^am Observatoire Régional du Pneumocoque Normandie, Centre Hospitalier Universitaire de Caen, Service de Microbiologie, Caen, France
^an Observatoire Régional du Pneumocoque Centre, Centre Hospitalier Universitaire de Tours, Service de Bactériologie-Virologie, Tours, France
^ao Observatoire Régional du Pneumocoque Languedoc-Roussillon, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Montpellier, Département de Bactériologie - Virologie, Montpellier, France
^ap Observatoire Régional du Pneumocoque Franche-Comté, Centre Hospitalier Universitaire de Besançon, Service de Bactériologie, Besançon, France
^aq Observatoire Régional du Pneumocoque Rhône-Alpes, Centre Hospitalier Universitaire de Grenoble, Service de Bactériologie, Grenoble, France
^ar Observatoire Régional du Pneumocoque Aquitaine, Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux, Service de Bactériologie, Bordeaux, France
^as Observatoire Régional du Pneumocoque Midi-Pyrénées, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse, Institut Fédératif de Biologie, Laboratoire de Bactériologie – Hygiène, Toulouse, France
^at Observatoire Régional du Pneumocoque Auvergne, Centre Hospitalier Universitaire de Clermont-Ferrand, Laboratoire de Bactériologie, Clermont-Ferrand, France
^au Observatoire Régional du Pneumocoque Côte d’Azur, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Service de Bactériologie, Nice, France
^av Observatoire Régional du Pneumocoque Champagne-Ardenne, Centre Hospitalier Universitaire de Reims, Laboratoire de Bactériologie-Hygiène, Reims, France
^aw Observatoire Régional du Pneumocoque Nord- Pas de Calais, Centre Hospitalier Universitaire de Lille, Institut de Microbiologie, Lille, France
^ax Santé Publique France, Saint Maurice, France
^ay Observatoire Régional du Pneumocoque Pays-de-la-Loire, Centre Hospitalier Universitaire d’Angers, Département de Biologie des Agents Infectieux, Laboratoire de Bactériologie, Angers, France
^az Nantes Université, Angers Université, INSERM, CNRS, INCIT, UMR 1302/EMR6001, équipe ATOMycA, France

^a Observatoire Régional du Pneumocoque Île-de-France Ouest, Assistance Publique – Hôpitaux de Paris, Hôpitaux Universitaires Paris Centre, Hôpital Cochin, Service de Bactériologie, Paris, France
^b Centre National de Référence des Pneumocoques (CNRP), Centre de Recherche Clinique et Biologique, Centre Hospitalier Intercommunal de Créteil, Créteil, France
^c Santé Publique France, Saint Maurice, France
^d Observatoire Régional du Pneumocoque Pays-de-la-Loire, Centre Hospitalier Universitaire d’Angers, Département de Biologie des Agents Infectieux, Laboratoire de Bactériologie, Angers, France
^e Nantes Université, Angers Université, INSERM, CNRS, INCIT, UMR 1302/EMR6001, équipe ATOMycA, France

^⁎Corresponding author at: Département de Biologie des Agents Infectieux – UF de Bactériologie, Institut de Biologie en Santé, Centre Hospitalier Universitaire Angers, 4 rue Larrey, 49933 Angers cedex, France.Département de Biologie des Agents Infectieux – UF de Bactériologie, Institut de Biologie en Santé, Centre Hospitalier Universitaire Angers4 rue Larrey49933 Angers cedexFrance

Sous presse. Épreuves corrigées par l'auteur. Disponible en ligne depuis le Friday 02 December 2022
Cet article a été publié dans un numéro de la revue, cliquez ici pour y accéder

Highlights

•	Streptococcus pneumoniae infections are frequent and mostly community-based.
•	In France, the pneumococcal surveillance is monitored by the network of ORP, in collaboration with the National Reference Center
•	The proportion of PDSP isolated in meningitis increased both in children (29.2, 2009 vs 51.4% in 2021) and in adults (26.1 in 2009 vs 46.1% in 2021)
•	Most of the serotypes included in the PCV13 have disappeared after vaccine introduction, while those not included in the PCV13 vaccine have emerged

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Abstract

Objective

The 23 French Regional Pneumococcal Observatories (ORPs) analyzed antibiotic resistance and serotypes of Streptococcus pneumoniae strains isolated from invasive infections in France over a 12-year period.

Methods

Between 2009 and 2021, the ORPs analyzed 19,319 strains, including 1,965 in children and 17,354 in adults. Strains were assessed for their resistance to penicillin G, amoxicillin and cefotaxime. Serotypes were identified in collaboration with the National Reference Centre.

Results

During this period, the number of strains collected yearly decreased significantly. The decrease was particularly pronounced up until 2013, especially in children (-61.0%). However, penicillin non-susceptible strains (PNSPs) increased in children (24.7% in 2009 vs 45.0% in 2021, p < 0.0001) and in adults (27.1% in 2009 vs 31.3% in 2021, p < 0.05), as well as resistance (I + R) to amoxicillin (children: 12.5% in 2009 vs 19.4% in 2021, p < 0.05; adults: 13.4% in 2009 vs 14.5% in 2021, NS) and resistance (I + R) to cefotaxime (children: 8.0% in 2009 vs 13.1% in 2021, p < 0.05; adults: 7.1% in 2009 vs 11.9% in 2021, p < 0.0001). All in all, the proportion of strains belonging to serotypes present in the PCV13 vaccine has fallen sharply, from 64.8% in 2009 to 23.6 % in 2021. At the same time, serotypes such as 8, 10A, 11A, 15B/C and 9N, not included in PCV13, were increasing.

Conclusion

During the study period, data collected by the network highlighted an increase of invasive PNSPs in children and non-vaccine serotypes. Surveillance of resistance and serotypes remains instrumental, particularly to monitor the evolution of vaccine efficacy.

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Keywords : Streptococcus pneumoniae, Antimicrobial resistance, Invasive infection, Serotype, French Regional Pneumococcal Observatories