Les lésions tumorales bénignes et les lésions pseudotumorales (adénomyomes, lésions régénératives) de l'ampoule de Vater représentent environ 20 % des lésions ampullaires actuellement diagnostiquées. Ces lésions doivent être traitées par ampullectomie. Les arguments en faveur d'une lésion ampullaire bénigne sont : une découverte fortuite, une lésion non ulcérée en duodénoscopie, l'absence d'extension à la sous-muqueuse et à la musculeuse duodénales ou au pancréas et/ou ganglionnaire en échoendoscopie, et l'absence de carcinome invasif sur la biopsie. La duodénopancréatectomie céphalique, du fait de sa morbi-mortalité, est à réserver aux tumeurs invasives avec un risque d'extension ganglionnaire. L'ampullectomie, qu'elle soit chirurgicale ou endoscopique, est indiquée pour les lésions ampullaires bénignes ou malignes non invasives. L'ampullectomie chirurgicale, guidée par un examen histologique extemporané, est préférable à l'ampullectomie endoscopique en cas de lésion volumineuse (qui, par voie endoscopique, nécessite une exérèse fragmentée gênant une analyse histologique fiable), ou s'étendant de façon ascendante dans la voie biliaire principale (présente chez 10 à 20 % des ampullomes), ou associée à un diverticule juxta-ampullaire, ou en cas de récidive après ampullectomie endoscopique.